三种鮡科鱼类线粒体全基因组的测定及鮡科鱼类系统发育分析的任务书.docx

三种鮡科鱼类线粒体全基因组的测定及鮡科鱼类系统发育分析的任务书
任务书
任务名称：三种鮡科鱼类线粒体全基因组的测定及鮡科鱼类系统发育分析
任务要求：
1.对三种鮡科鱼类（例：天目鲈、鲇鱼、草鱼）进行线粒体全基因组的测定，包括基因组序列标注、注释等。
2.对三种鮡科鱼类的线粒体基因组序列进行相似性比对，并进行系统演化分析，建立鮡科鱼类系统发育图。
3.根据所得到的系统发育图，探究鮡科鱼类的进化关系，以及三种鮡科鱼类之间的亲缘关系。
任务背景：
鮡科鱼类是淡水鱼类中的一个重要类群，包括有草鱼、鲇鱼、天目鲈、鲫鱼和胭脂鱼等多个品种。这些鱼类存在于全球各地的淡水环境中，并在捕鱼业中有重要的经济价值。
线粒体基因组在生物的进化研究中，是一个非常重要的工具。通过对线粒体基因组的测定与系统演化分析，可以揭示不同物种之间的亲缘关系与进化历史，为鱼类分类、遗传演化、种群遗传与进化等领域提供支持。
任务实施：
1.线粒体全基因组的测定
a.选取草鱼、鲇鱼、天目鲈三种鮡科鱼类的个体，进行的线粒体全基因组测序。
b.对测序结果进行比对与组装，建立三种鱼类的线粒体全基因组数据集。
c.对三种鮡科鱼类的线粒体基因组序列进行标注和注释，包括但不限于rRNA、tRNA和蛋白质编码基因等。
2.系统演化分析与系统发育图构建
a.对三种鮡科鱼类的基因组序列进行比对分析，得到序列间的相似性。
b.构建系统发育分析的数据集，包括三种鱼类的线粒体全基因组序列。
c.通过构建最大似然法（ML）和贝叶斯法（Bayesianinference，BI）等多种分析方法进行系统发育分析，获得三种鱼类之间的物种关系和进化历史。
3.结果分析
a.根据所得到的系统发育图，解读鮡科鱼类之间的亲缘关系和进化历史演化。
b.探究三种鮡科鱼类之间的亲缘关系，并比较三种鱼类之间的物种分化时间与生物地理分布等因素。
c.阐明鮡科鱼类的演化历史对于其形态结构、分布区域和生物学特征的影响。
任务成果：
1.三种鮡科鱼类的线粒体基因组序列数据集。
2.鮡科鱼类的系统发育图。
3.鮡科鱼类的进化关系分析结果。
4.对鮡科鱼类演化历史与形态结构、分布区域和生物学特征等方面的解读。
技术要求：
1.掌握鱼类分子生物学基础知识和常用实验技术，熟练掌握基因组测序和数据分析方法。
2.对线粒体基因组的注释方法和系统发育分析常用方法有较深入理解和实际操作能力。
3.熟悉基因组的数据组装和序列编辑工具，具有独立分析和解析数据结果的能力。
4.具备优秀的团队协作和交流能力，能够独立负责重要实验项目，独立完成实验数据的收集、分析并对实验结果进行解释。