不结球白菜基因组数据库的构建及白菜相关转录因子家族分析的开题报告.docx

不结球白菜基因组数据库的构建及白菜相关转录因子家族分析的开题报告
一、研究背景与意义
白菜是十字花科，亚洲地区广泛栽培的蔬菜之一，深受消费者喜爱。白菜有各种品种，其中不结球白菜是其中一种受欢迎的蔬菜品种，被广泛用于餐桌和制作食品。不结球白菜是对环境适应力很强的品种，对环境因素的刺激具有抗性，非常适合在不同的地点进行种植。此外，不结球白菜又是一种重要的医学和营养资源，因其高含量的可溶性和不可溶性纤维素、维生素C和钾，具有保持肝、肾和心脏健康，以及预防高血压、糖尿病等疾病的作用。
为了更好地理解不结球白菜的基因组信息和其转录因子家族的特性，并为不结球白菜的品种改良和营养研究提供基础研究的支持，本研究将构建不结球白菜的基因组数据库，并对其相关的转录因子家族进行分析。
二、研究内容与技术路线
1.不结球白菜基因组数据库的建立
本项目将用IlluminaHiSeqXTen平台对不结球白菜的基因组进行测序，并采用SOAPdenovo-Trans软件汇总，并将这些转录本注释和分类。
2.不结球白菜转录因子家族的分析
本项目将通过直接使用NCBINR数据库和Swiss-Prot数据库中的物种注释蛋白质，比对不结球白菜的转录本序列，以该物种中已注释的Vitisvinifera和Arabidopsisthaliana的蛋白质作为模板，预测不结球白菜中的转录因子基因家族，并进行其功能的分析和注释。
三、预期成果
本研究计划将建立一个高质量的不结球白菜基因组数据库，同时揭示其转录因子家族的特性和功能，为进一步的不结球白菜研究提供可靠的数据支持。该研究成果不仅有助于深入理解不结球白菜的生物学特性，同时可为不结球白菜的种植、品质改良和营养研究提供科学依据。