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中外猪种胚胎不同发育时期骨骼肌转录组和全基因组甲基化分析的开题报告
一、选题意义
近年来，随着全基因组测序技术的不断发展，越来越多的研究开始关注基因组中的甲基化变化对生物体发育和表现的影响。同时，在畜牧业方面，猪是重要的肉源动物，胚胎发育时期的骨骼肌发育状况直接关系到肉猪的肉质品质。因此，了解中外猪种胚胎发育时期骨骼肌转录组和全基因组甲基化的差异，对于提高猪的肉质品质具有重要意义。
二、研究内容
本研究旨在比较中外猪种在胚胎发育时期骨骼肌的转录组和全基因组甲基化情况，以探究胚胎发育时期猪肉质品质差异的基因调控机制。
（1）研究对象
选取3种国内外常见的猪种，即杜洛克猪、约克夏猪和大白猪，分别采集不同发育时期的胚胎（6、10、14、18、24天），同时采集成年猪肌肉组织作为对照。
（2）RNA和DNA提取
采用Trizol法提取胚胎和成年猪肌肉组织中的总RNA和总DNA，照明纯化后检测RNA和DNA的质量和浓度。
（3）构建文库和测序
将RNA反转录成cDNA，并用TruSeqRNA样本准备试剂盒进行文库构建。使用IlluminaHiSeqXTen进行高通量测序，并基于Susscrofa11.1版本的基因组进行注释。
（4）数据分析
使用Trinity软件对RNA-seq数据进行序列拼接和组装，使用edgeR软件进行基因差异表达分析。用Bismark工具对总DNA测序数据进行整理和处理，进行全基因组甲基化水平的分析，包括甲基化水平变化和DNA甲基化位点的分布。
三、研究意义
该研究可以深入了解中外猪种在胚胎发育时期骨骼肌的转录组和全基因组甲基化差异。通过比较分析，可以找到导致猪肉质品质差异的关键基因，为肉猪育种提供理论基础和科学依据。同时，该研究对于深入研究其他胚胎发育阶段和组织发育过程中的基因调控机制也具有一定的参考意义和借鉴价值。