Mo17和大刍草的基因组组装、重复序列注释及基因组比较分析的任务书.docx

Mo17和大刍草的基因组组装、重复序列注释及基因组比较分析的任务书
任务书
一、背景与目的
杂交水稻是自然杂交发生的自交不纯杂种，采用杂交种子和自交种子组配变异，形成新的各向异性变异株系，可实现不同杂种之间的优势互补，提高产量和品质，具备广泛的适应性和较强的抗逆能力，成为世界上重要的稻作品种之一。但杂交水稻的商业扩展受到基础种质的局限和亲本的稳定性等方面的影响。在进一步提高杂交水稻品质、增加杂交制种材料供应和促进杂交水稻产业健康发展等方面，杂交水稻核心亲本的挖掘和利用显得至关重要，其中Mo17和大刍草作为杂交水稻两个重要亲本，具有特殊的重要价值。本次任务的主要目的是对Mo17和大刍草的基因组进行组装、重复序列注释及基因组比较分析，以便更好地理解它们之间的遗传联系、种间杂交的规律以及其在杂交水稻育种中的作用。
二、任务内容
1.基因组组装
本任务将使用IlluminaHiSeq2500平台对Mo17和大刍草的基因组进行测序，并进行组装，以获得其基因组序列。对组装效果、连通性、完整性和准确性进行检测，同时利用FLNC、PacBio、Bionano等技术辅助完善基因组组装。
2.重复序列注释
基于RepeatMasker、RepeatModeler等软件对Mo17和大刍草的基因组序列进行重复序列的高效注释，利用RECON、RepeatScout、LTR_FINDER等软件对其未被知名的重复序列进行预测。
3.基因组比较分析
根据重复序列的注释结果，利用基因组比较工具进行基本的基因组比较分析，找出两个基因组之间的差异和相似之处，并进行进一步的分析和解释。同时，利用基因家族分析等方法对基因组进行基因功能注释和基因演化分析。
三、达成目标
通过本次任务，将得到Mo17和大刍草的高质量基因组组装序列和重复元件注释信息，并对两者之间的基因组差异性进行基因组比较分析，理解两者之间的遗传联系、种间杂交的规律以及其在杂交水稻育种中的作用，可为将来的育种工作提供重要的基础资料和有益的参考意见。
四、计划时间
本次任务的计划时间为6个月，具体分为以下阶段：
1.第1个月：文献调研和数据收集
2.第2-3个月：基因组测序和组装
3.第4-5个月：重复序列注释和基因功能注释
4.第6个月：基因组比较分析和结果解读
五、任务人员
本次任务需要3-5名优秀的生物信息学专业研究者，具有基因组组装、重复序列注释和基因组比较分析等方面的优秀专业技能。同时，还需要有相关领域的专家进行技术指导和结果解读。
六、经费预算
本次任务的总经费预算为100万元，主要用于基因组测序、基因组比较分析工具、数据存储和分析等方面的费用。其中，包括实验室设备费、材料费、人员费、旅费和其他费用。