柔嫩艾美耳球虫两个抗药株消减cDNA文库的序列分析的任务书.docx

柔嫩艾美耳球虫两个抗药株消减cDNA文库的序列分析的任务书
任务书
题目：柔嫩艾美耳球虫两个抗药株消减cDNA文库的序列分析
背景介绍：
柔嫩艾美耳（Haemonchuscontortus）球虫是寄生在小肠中的一种重要内寄生虫，是绵羊、山羊和牛等家畜的主要寄生虫之一。治疗柔嫩艾美耳球虫感染常使用抗寄生虫药物，但抗药性的出现已经成为了治疗该病的主要障碍之一。因此，研究柔嫩艾美耳球虫的抗药性机制对于防治该病具有重要意义。
任务要求：
本次任务要对柔嫩艾美耳球虫两个抗药株的cDNA文库进行序列分析，完成以下任务：
1.统计两个文库中的序列数量和平均序列长度。
2.将序列与数据库中的序列进行比对，并进行功能注释。
3.进行序列聚类和差异表达分析，并对关键基因进行功能注释。
4.研究两个抗药株的差异表达基因，并分析与抗药性机制相关的差异表达基因。
5.绘制表达矩阵、差异表达热图和GO富集分析图。
具体步骤：
1.获取柔嫩艾美耳球虫两个抗药株的cDNA文库数据，并进行质控处理。
2.利用Trinity软件进行序列拼接，获得拼接序列。
3.基于Bowtie2对序列进行比对，将比对结果保存到SAM文件中。
4.将SAM文件转化为BAM文件，基于BAM文件进行序列计数。
5.基于DESeq2进行差异表达分析，并进行GO富集分析和KEGG通路分析。
6.制作表达矩阵、差异表达热图和GO富集分析图。
参考文献：
1.吕健全,张海燕,研究进展：人类抑制素与棕色脂肪组织,科学出版社,2019.
2.苏州大学.农村环境健康重大疾病防控协同创新中心,中华人民共和国教育部.高等学校医学物理实验教学中心.突出农村环境健康重大疾病防控研究进展,科学出版社,2018.
3.王安民.中国畜禽疾病诊断学(下册),科学出版社,2017.