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基于转录组的羊草SNP标记的开发利用的开题报告
随着生物学研究技术的不断发展和完善，转录组测序技术已成为研究生物学领域的重要手段。普通的RNA测序可以将样品中所有的RNA分子转录为cDNA，并获得其序列信息，通过比对该序列信息，可以得出每一个基因的表达情况。基于转录组数据，我们可以深入分析各种生物体或器官的转录组差异，进一步研究疾病、进化、系统发育等方面的问题。
羊草是我们国家的一种重要牧草资源，其生产和利用对于我国畜牧业的发展至关重要。然而，由于羊草适应性强，基因组比较大等原因，其基因组测序仍处于萌芽阶段，因此对羊草基因组的研究并不充分。同时，牧草的生长环境往往困难，因此我们需要筛选出具有优良性状的品种并进行改良，进一步提高羊草的产量和品质。在这种大背景下，我们需要对羊草进行转录组测序，以及SNP标记的开发和利用，以期推动羊草的发展。
目前，我们将使用Illumina的NEXTSEQ500测序仪进行羊草的转录组测序工作。我们将任意选择5个不同的样品（可以是不同品种，也可以是同一品种不同生育时期或不同部位的组织），通过RNA提取、质检、纯化、分离、逆转录等步骤，将样品中的RNA分子转录为cDNA，获得其序列信息，进而得到这些样品的转录组数据。
接下来，我们将对这些得到的转录组数据进行初步的QA和QC分析，剔除其中的低质量序列，去除低质量插头以提高数据质量。接下来，我们可以使用公共软件或自主开发的软件来进行数据处理和分析。首先，我们将对这些转录组得到数据进行基因差异表达分析。由于我们选择的样品具有较为明显的差别，羊草转录组差异分析将有助于我们了解在不同环境条件下，羊草生长、发育、适应性等关键过程中调控基因的表达情况和变化情况，进一步研究羊草的遗传变异。其次，我们也将对转录组数据进行SNP标记的分析，以采集SNP标记的信息。使用目前比较流行的SNP发掘软件（如GATK），在比对后的序列数据中挖掘SNP位点，并进行SNP注释和功能分析。对于挖掘出的SNP位点，我们将在不同羊草品种间进行SNP分型，以探讨不同品种间的遗传差异。
在SNP标记的开发利用方面，我们将根据数据分析结果，选择具有显著差异的基因进行SNP标记开发。根据所拥有的开发条件（如多态性、数量、质量等），我们将选择其中合适的标记用于后续工作。例如，如果我们选择了10个SNP标记，我们可以考虑将这些标记运用到质控、品种鉴定、遗传图谱构建等方面。此外，我们还可以采用转录组数据进行基因散发分析，进一步探讨SNPs如何影响特定基因的表达和功能。
总之，本文介绍了使用转录组技术进行羊草的测序和SNP标记的开发利用的思路及方法，此方法可以为我们进一步深入研究羊草的分子机制和遗传进化提供重要手段，也可以为我们改良羊草品种提供一定的科学依据和技术支撑。