长雄蕊野生稻遗传图谱的构建及主要农艺性状QTLs定位的开题报告.docx

长雄蕊野生稻遗传图谱的构建及主要农艺性状QTLs定位的开题报告
一、研究背景和意义
长雄蕊野生稻是目前世界上唯一已知的双倍体野生稻种，是重要的稻谷野生近缘资源，对于开展水稻基因组研究及育种具有重要价值。长雄蕊野生稻是水稻的一个亲缘种，其与水稻具有许多相似点，这就为基因图谱的构建提供了有利条件。建立长雄蕊野生稻遗传图谱和主要农艺性状QTLs的定位，有助于研究水稻的基因组结构和性状相关基因，从而为水稻育种提供新的理论基础。
二、研究内容和方法
本研究计划采用组学-遗传学相结合的方法，构建长雄蕊野生稻的遗传图谱，并通过主要农艺性状QTLs的定位，探讨其遗传机制。具体研究内容和方法如下：
1.长雄蕊野生稻基因组的DNA提取和测序
收集长雄蕊野生稻品种，采用常规方法提取其基因组DNA，并进行高通量测序，获取其完整基因组序列。
2.构建长雄蕊野生稻遗传连锁图谱
根据野生稻基因组序列，挑选并扩增一批SSR（简单重复序列）标记、SNP（单核苷酸多态）标记，并对杂交后代进行PCR扩增和基因拷贝数分析，进而构建长雄蕊野生稻的较为完整的遗传连锁图谱。
3.筛选主要农艺性状相关标记
利用已有的水稻主要农艺性状标记，筛选与长雄蕊野生稻主要农艺性状相关的标记，并进行相关性判断，最终确定与性状相关的标记。
4.主要农艺性状QTLs的定位
使用遗传连锁图谱中筛选出的SSR和SNP标记，对长雄蕊野生稻不同品种进行连锁分析，以确定主要农艺性状的相应QTLs，并对其进行定位。
5.采用统计学方法对QTLs进行解析
对确定的QTLs进行统计学分析，对于每个QTL，分别计算其遗传效应、表达方式及其与其他QTLs之间的相互作用等因素，最终得出关于长雄蕊野生稻主要农艺性状的真实机理和表达规律。
三、研究预期结果
本研究将建立长雄蕊野生稻的遗传图谱和主要农艺性状QTLs定位，为水稻基因组研究提供新的研究思路和方法，为水稻育种提供重要的理论支持。同时，本研究还将深入探讨长雄蕊野生稻性状相关基因及其表达机制，为水稻的分子育种提供新的方法和思路。
四、研究进度和预算
本研究计划在2年内进行完成。预算以实际需要为准，主要包括基因组测序、PCR扩增和基因拷贝数分析、遗传连锁图谱的构建和主要农艺性状QTLs定位的分析等。