基于线粒体DNA的蜂猴圈养种群遗传分化研究的任务书.docx

基于线粒体DNA的蜂猴圈养种群遗传分化研究的任务书
任务书
一、研究背景和意义
蜂猴（Macacafascicularis），又称长尾猴或食蟹猴，是一种广泛分布于东南亚及周边地区的非人灵长类动物，也是我国的一种重要实验动物。在蜂猴的圈养种群中，存在着多个亚种或地方型，它们在形态、行为、生理、分子等方面存在着一定的差异，相关研究成果已经逐渐积累。
线粒体DNA（mitochondrialDNA，mtDNA）是由线粒体细胞内负责能量转化的线粒体内膜呼吸链生产的ATP的细胞器所含有的DNA。线粒体DNA具有点突变的特点，易于检测样品和物种（通过质量和序列分析）以及遗传多样性。线粒体DNA的研究在分类学、系统发育、环境适应性和遗传变异等方面有着广泛的应用。
因此，本研究计划利用线粒体DNA序列分析的方法，对蜂猴圈养种群的遗传变异进行研究，对蜂猴亚种或地方型的遗传分化、种群历史、迁移、适应性等问题进行探讨，为我们更好地了解蜂猴的分类和进化提供更多的科学依据，也为相关领域的基础研究提供参考。
二、研究内容和方法
1.任务一：收集样品
收集来自不同城市、不同地区、不同个体的蜂猴组织样品，保证样品来源的多样性。
2.任务二：提取DNA
使用DNA提取试剂盒从样品中提取线粒体DNA。
3.任务三：PCR扩增和测序
利用PCR扩增技术扩增线粒体DNA的一部分或全部基因区域，再进行序列测定。建议对线粒体基因cytb的序列进行比对和分析。
4.任务四：数据分析
通过测序获得线粒体基因序列，进行序列长度、变异位点数量、核苷酸组成等基本统计分析。使用Mega软件或其他软件进行进化树分析、种群遗传学分析、群体间遗传差异分析等。利用基于线粒体DNA序列的遗传多样性参数，如单倍型数、等位基因频率、遗传距离等，来推断蜂猴圈养种群间的遗传关系，分析蜂猴亚种或地方型之间的遗传分化和物种分化历史。
三、预期结果
1.获取一定数量、多元化来源的蜂猴样品，保证研究数据质量。
2.获得一定数量的线粒体DNA序列信息，获得蜂猴圈养种群遗传变异信息。
3.通过进化树分析、种群遗传学分析、群体间遗传差异分析等方法，检测不同亚种或地方型间的遗传分化程度，推断蜂猴亚种或地方型分化的历史和地理过程。
4.提供更多的科学依据，进一步加深人们对蜂猴种群的了解，为保护和利用蜂猴资源提供参考依据。
四、进度安排
1.第一阶段（1个月）：收集标本、提取DNA并初步检验；
2.第二阶段（2个月）：PCR扩增和测序；
3.第三阶段（1个月）：数据分析、结果呈现；
4.第四阶段（1个月）：撰写毕业设计。
五、经费预算
1.人员费用：研究人员1人，助理1人，经费10万元；
2.物品费用：试剂盒、PCR仪、DNA测序仪等，经费20万元。
总经费预算为30万元，其中25万元来自学院和实验室，5万元来自相关企业或者贵重设备共享平台。
六、参考文献
1.Linetal.Geneticdiversityandphylogeographyofhighlyrestrictedforest-dependentbirdsinSoutheastAsiaandtheirconservationimplications.DiversityandDistribution,2014.
2.Hilletal.AmitochondrialstratigraphyforislandSoutheastAsia.AmericanJournalofHumanGenetics,2007.
3.Kimetal.MitochondrialDNAhaplogroupsandgeneticrelationshipbetweenKoreanandJapanesemacaques(Macacafuscata).MolecularPhylogeneticsandEvolution,2009.