黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图的构建的任务书.docx

黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图的构建的任务书
任务书
任务名称：黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图的构建
任务背景：
黄颡鱼是一种淡水鱼类，常见于中国华南、东南等地的河流、湖泊和水库中。由于其独特的生态角色和经济价值，黄颡鱼已成为国内外渔业资源研究的重要对象。为了更好地保护和管理这一资源，有必要对其遗传多样性进行深入研究。微卫星标记是一种高度多态、重复序列长度短且易于分析的DNA标记，具有广泛的应用前景。因此，开发黄颡鱼微卫星标记并构建其遗传连锁图已成为当前研究的热点问题。
任务目的：
本任务旨在通过开发黄颡鱼微卫星标记，构建其遗传连锁图，深入了解其遗传多样性和个体间的亲缘关系，为黄颡鱼资源的保护和管理提供理论支持。
任务内容：
1.黄颡鱼基因组DNA提取和富集微卫星序列
采用改良的CTAB法提取黄颡鱼基因组DNA，进行微卫星富集，筛选并克隆合适的微卫星序列片段，最终设计适合PCR扩增的微卫星引物。
2.对黄颡鱼进行微卫星PCR扩增并进行基因型鉴定
将黄颡鱼基因组DNA作为模板进行PCR扩增，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测扩增产物的大小与强度，同时进行基因型鉴定。
3.构建黄颡鱼微卫星遗传连锁图
基于黄颡鱼的基因型数据和连锁分析原理，利用软件构建黄颡鱼微卫星遗传连锁图，并进行遗传距离和定位分析，对关键性状框架区域进行精细定位。
4.对黄颡鱼群体遗传多样性进行分析
利用黄颡鱼微卫星遗传连锁图，分析不同种群、不同地域、不同发育阶段、不同性别和不同代谢类型等因素对黄颡鱼遗传多样性的影响，进而揭示其种群遗传动态和演化历程。
任务进度安排：
第一年：
1.提取和富集黄颡鱼基因组DNA，并获得大量的微卫星序列。
2.设计合适的微卫星引物，并进行PCR扩增与基因型鉴定，为后续的遗传连锁图构建做准备。
第二年：
3.利用PCR产生的基因型数据，构建黄颡鱼微卫星遗传连锁图，并进行遗传分析和精细定位。
4.对黄颡鱼不同群体、不同因素下的遗传多样性进行分析。
第三年：
5.对遗传连锁图和遗传多样性分析结果进行数据整理、统计和分析，进行写作和撰写论文。
任务费用预算：
本任务预计需要120万元的经费，其中主要包括设备购置费用、实验室管理费用、人员工资和交通差旅费用等。
参考文献：
1.张福全,杨宏科,董建华,等.中国黄颡鱼的分子系统学研究[J].遗传,2007(8)：873-879.
2.邱锁成,郭洪亮,郑爱华,等.基于遗传连锁的甘蓝菜心VcVdQTL分析[J].种子,2013：(4)：82-87.
3.李皓,何青,马北红,等.黄颡鱼遗传多样性研究现状与展望[J].生态环境学报,2019(4)：1113-1119.