鼠伤寒沙门氏菌小RNA功能的研究的任务书.docx

鼠伤寒沙门氏菌小RNA功能的研究的任务书
任务书
一、研究背景
鼠伤寒和沙门氏菌是严重影响健康的细菌感染病例，它们可以从各种动物传播给人类，导致多种疾病。鼠伤寒沙门氏菌感染的严重性在于它们常常会采用一系列机制逃避宿主免疫系统的攻击，导致难于治愈。现在研究人员发现，小分子非编码RNA（ncRNA）在细菌基因调控中起着至关重要的作用，这一发现为对鼠伤寒和沙门氏菌的防治布置奠定了基础。现在，我们计划研究鼠伤寒沙门氏菌小RNA功能，并找到基于这些ncRNA的新的疾病治疗方法。
二、任务目标
本次研究的主要目标是探究鼠伤寒沙门氏菌小RNA对细菌生长、代谢、耐药性和免疫逃逸的调节作用，并发现与人类疾病相关的重要信号通路。研究计划通过下列几个方面来实现我们的目标：
1.鉴定鼠伤寒沙门氏菌小RNA
利用高通量测序技术，对鼠伤寒沙门氏菌进行全转录组测序，筛选出一些靶向可能对此类感染起到作用的小RNA，然后对这些小RNA进行过筛选和鉴定稳定性、保真性和功能等实验评估，最终确认良好的候选小RNA。
2.探究鼠伤寒沙门氏菌小RNA的功能
利用生物信息学方法预测小RNA的靶基因，然后通过RNA测序及其稳定剪切进行小RNA的检测和靶基因的鉴定。利用RNA敲低技术来评估鼠伤寒沙门氏菌小RNA的生物学效应，包括生长、重组、耐药性、生化代谢和by免疫躲避等等方面。
3.研究鼠伤寒沙门氏菌小RNA的信号通路
通过对小RNA靶基因的功能分析，研究鼠伤寒沙门氏菌小RNA的调节机制，以揭示它们在重要物质代谢途径和全细胞物质代谢中的功能。然后，利用生物信息学预测小RNA和人类疾病的相关性，设计选育与这些小RNA或其靶基因有关的药物和治疗方案。
4.研究小RNA在抗生素耐药性和免疫逃逸中的作用
确定小RNA在鼠伤寒沙门氏菌耐抗生素和免疫逃逸中的作用。通过荧光定量PCR检测鼠伤寒沙门氏菌中小RNA的相对表达，以评估它们在抗生素耐药性和免疫逃避中的作用。
5.研究小RNA在鼠伤寒沙门氏菌感染和治疗中的应用
以鼠或豚鼠为模型，研究鼠伤寒沙门氏菌小RNA在抗感染过程和治疗中的应用，找出具有抗病毒和抗感染能力的小RNA，设计新药。
三、研究方法
本研究计划采用以下的研究方法：
1.技术路线
RNAprepPure菌体总RNA提取，TruSeq推荐体积DNA样本制备，IlluminaHiSeqXTen平台测序，利用Cutadapt/MAPQ过滤出测序质量标准差异化表达的小RNA；qPCR检测功能性小RNA表达量。
2.鉴定鼠伤寒沙门氏菌小RNA
从RNA测序数据中，利用miRDeep2，miREvo和miRBase等工具预测鼠伤寒沙门氏菌的小RNA；利用RNAfold进行它们的预测和结构分析，通过验证来筛选出小RNA，利用荧光素酶定量PCR和荧光南方杂交进行小RNA表达的检测。
3.探究鼠伤寒沙门氏菌小RNA的功能
通过靶基因启发的方法筛选靶向，在全转录组分析中鉴定小RNA；设计FISH，点突变，RNA-Seq，WISH和CAGE等技术来实验获得不同生境下小RNA的分布、分子机制和信号通量；利用激光共聚焦显微镜，利用抗感染能力差留存比率确定小RNA表达的生化特性。
4.研究鼠伤寒沙门氏菌小RNA的信号通路
使用基因模式分析识别调节通路。确定小RNA在重要物质的代谢途径和全细胞物质代谢中的作用。在获得最终的功能自变量数据时，使用梯度升降算法构建模型，寻优参数并识别受影响的基因（K周，LD50，不同药物和疾病的性质）。
5.研究小RNA在抗生素耐药性和免疫逃逸中的作用
基于RNA-Seq和信号通量分析，在不同免疫抗原染色和临床测试中预测LPS等因子的产生或在不同药物中观察到不同菌种的感受性，并通过实验分析小RNA的拮抗表达使它们的治疗效果得到加强。
四、预期结果
1.对鼠伤寒沙门氏菌小RNA进行鉴定，查找到它们的生物学功能。
2.研究小RNA信号通路，揭示其在重要物质代谢途径和全细胞物质代谢中的作用，找到与人类疾病相关的重要小RNA通路。
3.研究小RNA在抗生素耐药性和免疫逃逸中的作用。
4.确定小RNA在治疗鼠伤寒沙门氏菌感染中的运用。
五、经费预算
1.各类人员费用：80万元
2.设备耗材和实验用品：60万元
3.文献和参考资料费用：10万元
4.出版物费用：10万元
5.其他直接费用：40万元
总预算：200万元。
备注：经费支持方可与我们纳入合作。