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构建与验证肝癌坏死性凋亡相关长链非编码RNA预后模型的任务书
任务书
一、任务背景
肝癌是一种常见的恶性肿瘤，具有高度的侵袭性和转移性，常常不易被早期发现，预后不佳。坏死性凋亡是一种重要的细胞死亡方式，与肝癌的发生和发展密切相关。长链非编码RNA（lncRNA）作为一类新的RNA分子，已经被证明在多种癌症中发挥重要的调控作用。因此，研究肝癌坏死性凋亡相关lncRNA的预后模型，对于提高肝癌治疗效果和预后有重要意义。
二、任务目标
本任务的主要目标是构建与验证肝癌坏死性凋亡相关lncRNA预后模型，为临床肝癌治疗和预后评估提供新的分子标志物。
具体研究任务如下：
1.收集肝癌组织和癌旁组织样本，同时记录样本对应的临床信息。样本数量应符合统计学要求，并尽量覆盖不同临床分期和分化度的肝癌。
2.通过转录组测序技术，获得样本中的lncRNA表达谱数据，同时计算坏死性凋亡指数。
3.通过相关分析和机器学习算法，筛选出与坏死性凋亡相关的lncRNA，并构建预后模型。
4.利用公开的肝癌癌组织和正常组织样本数据，验证预测模型的准确性和稳定性。
5.对预后模型的预测结果进行生物学解释和功能分析，挖掘与肝癌坏死性凋亡相关的生物学功能通路。
三、任务步骤
1.采集样本：收集约100例肝癌患者的肝癌组织和癌旁组织样本。每个样本分别取2个组织片，分别进行转录组测序和坏死性凋亡指数测定。同时，记录患者的年龄、性别、肝功能、甲胎蛋白水平、病理分期和分化度等基本信息。
2.转录组测序：对样本进行RNA提取并生成RNA文库，使用Illumina平台进行测序。利用Tophat和Cufflinks软件对测序数据进行初步处理，得到每个样本中lncRNA的表达矩阵。
3.坏死性凋亡指数测定：使用PI染色和AnnexinV-FITC/PI染色法，测定肝癌组织中坏死性凋亡指数。每个样本测定3次，取平均值作为样本的坏死性凋亡指数。
4.筛选相关lncRNA并构建预后模型：将肝癌组织的lncRNA表达矩阵和坏死性凋亡指数输入生物信息学分析软件，进行相关分析和机器学习算法筛选，得到坏死性凋亡相关的lncRNA，并利用这些lncRNA构建预后模型。
5.验证预测模型的准确性和稳定性：使用公开的肝癌癌组织和正常组织样本数据，利用预测模型对这些数据进行预测，并评估预测效果。
6.生物学解释和功能分析：对预测结果进行深入分析，挖掘与肝癌坏死性凋亡相关的生物学通路，并评估预后模型在肝癌诊断、预后评估和治疗中的应用价值。
四、任务成果
1.肝癌坏死性凋亡相关lncRNA预后模型：根据实验数据构建出的预后模型，可用于预测肝癌患者的预后情况。
2.肝癌坏死性凋亡相关生物学通路：通过预测结果和功能分析结果，挖掘出与肝癌坏死性凋亡相关的生物学通路，并提出新的治疗策略和研究方向。
3.研究报告：对实验步骤、结果和结论进行详细解释，并提出未来的研究展望。研究报告应具有一定的学术价值和临床应用价值。
五、研究保障
1.实验室设备和试剂：提供必要的实验室设备和试剂，包括RNA提取试剂、测序试剂、PCR试剂、PI和AnnexinV-FITC/PI染色试剂等。
2.资金支持：提供研究所需的经费，包括样本采集、转录组测序、生物信息学分析及相关设备的租赁和维护等费用。
3.指导与支持：提供专业的技术指导和学术支持。对实验研究过程中出现的问题和困难提供帮助和解决方案。
六、研究人员要求
1.具有高级职称或博士学位，具有肝癌相关研究经验。
2.熟练运用各种生物信息学分析方法，具有使用R、Python等分析软件的能力。
3.具有实验操作能力和统计学基础，掌握转录组测序技术和坏死性凋亡指数测定方法。
4.有较强的英语读写能力，能够阅读和理解相关英文文献。
七、任务进度
任务周期：12个月
任务步骤详细时间安排如下：
|任务步骤|起止时间|
|:---:|:---:|
|采集样本|第1个月至第3个月|
|转录组测序|第4个月至第6个月|
|坏死性凋亡指数测定|第7个月至第9个月|
|筛选相关lncRNA并构建预后模型|第10个月至第11个月|
|验证预测模型的准确性和稳定性|第11个月至第12个月|
|生物学解释和功能分析|第12个月|
八、任务评估
评估指标：
1.实验数据处理和分析的准确性和逻辑性；
2.预后模型的预测准确率和稳定性；
3.肝癌坏死性凋亡相关生物学通路的发现和分析。
任务成果达到以下标准，即视为任务完成：
1.肝癌坏死性凋亡预后模型的预测准确率≥70%；
2.发表1篇学术论文，或提交1项专利；
3.项目的研究方法、技术和成果被工业界、企业、政府部门、学术机构、媒体等引用和应用；
任务完成情况将由项目负责人向委托方进行汇报，并提交最终研究报告。如果任务未能达到预期目标，需要向委托方说明原因和改进措施。