基于转录组测序技术分析紫穗槐菌根差异表达基因的任务书.docx

基于转录组测序技术分析紫穗槐菌根差异表达基因的任务书
任务书
背景
紫穗槐（RobiniapseudoacaciaL.）是我国北方地区广泛栽培的优良经济树种之一。然而，其生长期较长，种籽萌发率低等一系列问题限制了其生产。为此，菌根技术被广泛应用于紫穗槐的栽培中。因为紫穗槐的菌根是由细菌和真菌共同组成的复杂群体，因此深入研究紫穗槐菌根的差异表达基因有助于揭示其菌根形成及发育的分子调控机制。
任务
本项目采用转录组测序技术，以比较分析不同菌群共生的紫穗槐菌根的差异表达基因，为深入了解其分子机制提供方法及理论基础。
任务内容
1.准备样品：在不影响正常菌根形成的前提下，选取三十个同龄、同质的紫穗槐幼苗，将其分为3组，每组10个幼苗，分别使用不同的菌根菌群进行共生处理。
2.提取RNA：待菌根共生10周后，从三组幼苗的根部分别用三只无菌钳取样，用TRIzol试剂提取RNA。RNA纯化的过程中，使用DNaseI消除DNA污染。
3.建立cDNA文库：将RNA转录为cDNA，并用IlluminaHiSeq2500测序，得到三组共计180G的原始数据。
4.数据预处理：对三组测序数据进行质控评估，包括测序质量统计、测序数据去除低质量序列、过滤接头污染序列等操作，得到高质量、干净的序列数据，作为后续差异表达分析的输入数据。
5.差异表达分析：使用基因表达计数方法确定每个基因的表达情况，并使用DESeq2R软件包进行差异分析，找出在三组不同菌群处理下的差异表达基因。
6.功能注释及通路富集分析：对差异表达基因进行功能注释，并使用KEGG、GO等数据库进行通路富集分析，进一步解析可能涉及到的生物学过程、分子功能和细胞组分。
7.结果分析及报告：撰写不少于3000字的分析报告，全面、系统地总结差异表达基因及通路富集分析结果，挖掘菌根形成及发育的分子调控机制。
预期结果
1.成功获取三组紫穗槐菌根共生处理后的RNA。
2.成功建立三组样品的cDNA文库。
3.获取三组高质量、干净的转录组测序数据。
4.鉴定出在三组不同菌群处理下的差异表达基因，并进行生物信息学分析。
5.深入解析涉及到的生物学过程、分子功能和细胞组分等通路富集分析结果。
6.得出结论，揭示菌根形成及发育的分子调控机制。
参考文献
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