肺腺癌患者EGFR基因突变与拷贝状态分析的任务书.docx

肺腺癌患者EGFR基因突变与拷贝状态分析的任务书
任务书
背景
肺腺癌是最常见的癌症之一，EGFR(EpidermalGrowthFactorReceptor)基因突变是其重要的分子标记之一。EGFR基因的突变状态与EGFRTKIs(TyrosineKinaseInhibitors)的疗效密切相关。EGFR基因突变的检测方法有许多种，包括PCR(PolymeraseChainReaction)、Sanger测序、Next-GenerationSequencing(NGS)等，其中NGS技术更适用于同时检测多个基因的突变状态以及拷贝数。
目标
本项目旨在使用NGS技术，对肺腺癌患者中EGFR基因突变状态和拷贝数进行分析，为临床医师提供EGFR-TKIs治疗方案的参考。
任务
1.样本采集：收集20例肺腺癌患者的外周血样本，提取DNA。
2.库建立：使用经验验证过的商业化文库制备方法，构建NGS文库。
3.测序：使用IlluminaHiSeq系列测序仪对文库进行高通量测序（目标深度不低于500X）。
4.数据分析：将测序所得数据进行第一次分析，包括：
4.1数据清理、去除质量差的序列和接头、滤除低质量低比对率的序列及PCR重复数据。
4.2使用BWA软件比对得到的结果，将EGFR基因的比对结果提取出来。
4.3使用软件进行EGFR基因的变异和拷贝数分析。应用多种软件对EGFR基因进行筛选，即Mutect2、VarScan2、SAMtoolsmpileup和GATKHaplotypeCaller，确保结果一致。
4.4将结果整理成数据报告，包括EGFR基因的突变状态和拷贝数状态，并与临床信息进行综合分析。
5.结果解读：根据分析结果和少量已知患者的治疗效果，对检测结果进行结论的解读，判断EGFR-TKIs治疗的应用价值，并给出建议。
6.数据报告：形成完成的报告，包括样本信息、测序数据分析和样本分析结果，呈交给委托方。
7.后续服务：根据需要，为委托方提供进一步的数据分析和技术支持服务。
时间安排
本项目的时间安排预计为两个月内完成，具体分配如下：
任务1：1周
任务2：2周
任务3：1周
任务4：2周
任务5：1周
任务6：1周
任务7：可根据委托方需求而定
总计时：2个月
参考文献：
1.P.Aguiaretal.(2021).Next-GenerationSequencingSolutionsforDrugDevelopmentinLungCancer.Cancers(Basel).13(8):1869.
2.D.Kimetal.(2020).ComprehensiveMolecularDiagnosisofNon-smallCellLungCancerUsingNext-GenerationSequencing.OncolLett.20(2):1745-1757.