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不同生长速度猪背最长肌转录组测序分析及差异表达基因筛选的任务书
背景
猪是我国重要的畜牧业生产动物之一，猪背肌是其中肉质优良的主要肌肉组织之一。然而，不同品种、不同生长阶段的猪，其背肌生长速度和肉质品质存在较大差异。因此，分析不同生长速度猪背最长肌的转录组差异，筛选出与生长速度和肉质品质相关的基因，对于研究猪背肌生长和改良畜牧业生产具有重要意义。
任务
本研究旨在对不同生长速度猪背最长肌进行转录组测序分析，并筛选出与生长速度和肉质品质相关的基因。具体任务如下：
1.样品来源：采集3组不同生长速度的猪背最长肌组织样品（如1.5月龄、3月龄、6月龄），分别采集至少3个个体，保证总RNA样品质量好，RNA的RIN值≥7.0。
2.转录组测序：对3组猪背最长肌组织样品进行RNA-seq测序，测序深度不低于6G，质量控制后得到高质量的测序数据。
3.数据分析：利用比对软件分别比对样品序列到参考基因组上（如swineNCBIRefSeqAnnotationRelease109），并利用组装软件对比对结果进行基因和转录本组装。
4.差异表达分析：采用差异表达分析软件，对不同生长速度猪背最长肌组织样品进行比较分析，筛选出差异表达的基因和转录本，并进行GO、KEGG分析和功能富集分析，初步分析其与生长速度和肉质品质的关联。
5.筛选目标基因：结合生长速度和肉质品质等指标，从差异表达基因中筛选出与这些指标相关的目标基因。
6.数据验证：采用荧光定量PCR或qPCR方法验证差异表达基因的可靠性。
7.结果呈现：根据分析结果撰写研究报告，包括实验设计、分析方法、数据分析结果、差异表达基因注释、GO、KEGG和功能富集分析结果，验证结果等。
要求
1.合理选取样品，并对实验过程中的RNA提取、纯化、测序、数据分析等环节进行质量控制，确保分析结果准确可靠。
2.利用现有的公共数据库进行注释、GO、KEGG和功能富集分析，挖掘分析结果的深层次生物学意义。
3.严格筛选差异表达基因，并进行可靠性验证，确保选取目标基因的准确性和可靠性。
4.撰写规范且完整的研究报告，呈现实验设计、数据分析、结果呈现等内容。
5.遵守实验室安全操作规程。
参考文献
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