髓母细胞瘤差异表达microRNA的筛选及功能预测的任务书.docx

髓母细胞瘤差异表达microRNA的筛选及功能预测的任务书
任务书
任务名称：髓母细胞瘤差异表达microRNA的筛选及功能预测
任务描述：
本任务旨在通过筛选髓母细胞瘤与正常组织中不同iallyexpressedmicroRNA（miRNA），并对其进行功能预测，以加深对该病的认识和预测其发生机制。具体内容如下：
1.数据准备
利用公共数据库如NCBI中的GEO(GeneExpressionOmnibus)、TCGA(TheCancerGenomeAtlas)等，筛选出髓母细胞瘤和正常组织样本的miRNA数据，并进行预处理，包括数据清洗、标准化、去除次数太少的miRNA等步骤。
2.差异表达分析
使用R语言中的edgeR、DESeq2等包，进行髓母细胞瘤和正常组织中miRNA的差异表达分析，筛选出显著差异iallyexpressedmiRNA。
3.功能预测
利用公共数据库如miRTarBase、TargetScan、miRDB等，预测差异iallyexpressedmiRNA的靶向基因，进一步分析其功能如调节基因表达、参与信号传导通路或调控细胞分化等机制。
4.结果分析
对筛选出的显著而具有生物学意义的miRNA，进行深入分析，探究其与髓母细胞瘤发生及发展的关联，为诊断和治疗提供理论基础。
5.报告撰写
撰写详细的实验报告，对实验过程进行简要总结和归纳，并对实验结果进行全面解读和分析。
任务要求：
1.熟练掌握R语言及其在生物信息学中的应用。
2.具备对公共数据库及其资源的熟练使用技能。
3.具备对差异表达分析及其相关包的使用能力。
4.具备对生物学基础知识和生物信息学技术的深入理解。
5.具备独立思考和实验设计能力。
6.完成实验报告，对实验结果进行全面解读和分析。
时间安排：
总共耗时约两个月，具体安排如下：
第一周：调研文献及相关数据库和资源，熟悉实验流程和任务要求。
第二周-第三周：数据准备及预处理。
第四周-第五周：差异表达分析及筛选出不同iallyexpressedmiRNA。
第六周-第七周：预测miRNA的靶向基因及功能预测。
第八周-第九周：深入分析已筛选出的显著而具有生物学意义的miRNA。
第十周-第十一周：报告撰写及提交。
任务成果：
完成本任务后，将得到如下成果：
1.实验流程和方法的详细记录；
2.差异iallyexpressedmiRNA列表及它们的注释信息；
3.靶向基因预测表及其相关注释信息；
4.差异iallyexpressedmiRNA的生物学意义及机制分析报告；
5.实验结果的详细解读和分析报告。