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肝细胞癌差异基因分析及长链非编码RNA的初步验证--基于转录组芯片的研究的开题报告
一、研究背景
肝细胞癌（hepatocellularcarcinoma，HCC）是一种常见恶性肿瘤，也是全球最常见的一种癌症。据统计，在全球范围内，约有75%的HCC病例发生在亚洲，其中中国的病例占比最高。HCC的发病率在近些年来有逐年增加的趋势，尤其在发展中国家和地区，其发病率和死亡率更是高居不下。虽然在肝癌的治疗方面已经取得了一定的进展，但依然有很多患者仍然需要接受放疗、化疗或者手术治疗等方式来控制肿瘤，并且因肝脏本身的特别性，肝细胞癌的治疗难度相对较大。因此，对HCC的病因和发病机制进行深入研究，将对未来的肝癌治疗产生巨大的促进作用。
长链非编码RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）是指RNA分子长度较长，并且没有被翻译为蛋白质的一类RNA。在生物学领域，lncRNA被广泛地认为是一种重要的调控因子，它可以通过多种方式调控基因表达、编译复合物的形成等。研究表明，lncRNA在多种疾病的发生和进展过程中发挥了重要的作用，如癌症、心血管疾病等。因此，通过研究不同类型的lncRNA，探究它们在肝细胞癌中的表达和作用机制，将有助于深入了解HCC的发病机制和治疗方法的研究。
二、研究目的
本研究的目的主要有以下几个方面：
1、利用转录组芯片技术，比较肝细胞癌组织中差异表达的基因和正常组织的基因，进一步了解HCC的发病机制；
2、筛选出在肝细胞癌中不同ially表达的长链非编码RNA，初步验证其在HCC中的作用机制；
3、计算发现lncRNA基因与已知调控基因的互作网络，为HCC相关疾病标志物筛选和治疗新靶点的发现奠定基础。
三、研究内容与方法
1、病例选择
收集符合诊断标准的肝细胞癌患者的肝癌组织和对应的正常组织样本，共计50对，要求年龄、性别、病期、治疗史等因素尽量匹配。所有样本经过组织学鉴定和病理分级。
2、转录组芯片检测
采用AgilentcDNA芯片对所有样本进行转录组表达谱检测。数据分析主要包括：数据预处理、差异表达基因挑选、颜色聚类和基因本体学分析等。
3、长链非编码RNA筛选和定量PCR验证
将转录组芯片数据中的lncRNA基因比较表达值进行初步筛选和鉴定，并选择部分基因进行qPCR验证，并通过GeneOntology和KEGG通路分析对这些lncRNA基因进行生物信息学分析。
四、预期结果
本研究的预期结果如下：
1、通过转录组芯片检测，筛选出在肝细胞癌中差异表达的基因并进行初步鉴定，以此进一步认识HCC的发病机制和代谢调节过程中的关键基因。
2、初步筛选和鉴定在HCC中扮演重要角色的lncRNA基因，为进一步研究其作用机制、寻找标志物、筛选治疗靶点等方面提供有价值的基础。
3、构建lncRNA与已知调控基因的互作网络和通路，为研究HCC发生和生物学过程的分子调控机制以及筛选标志物和住处目标提供有力支持。
五、研究意义
肝细胞癌的高发性和高死亡率一直困扰着现代医学，因此，关于肝细胞癌的发病机制、标志物的筛选以及靶点的寻找等方面的研究，对于HCC的临床预后和治疗都将具有非常重要的意义。本研究采用转录组芯片技术和lncRNA的筛选和验证，将有助于深入了解HCC的发病机制和疾病过程中所涉及的基因和蛋白质，并且拓宽对肝细胞癌病理学和生命健康的认识，为开发肝细胞癌的诊断和治疗提供重要的参考和借鉴。