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小麦与叶锈菌互作前后的MSAP分析的中期报告
根据中期实验结果，我们对小麦与叶锈菌互作前后的MSAP分析得出以下结论：
1.基因组DNA甲基化状态的变化
在小麦与叶锈菌的互作过程中，基因组的DNA甲基化状态发生了变化。我们对两个样本分别进行了2048个位点的MSAP分析，发现了211个位点的DNA甲基化状态发生了变化，涉及到了873个碱基对。
在控制组中，有44个位点发生了DNA甲基化，包括176个碱基对。在实验组中，有167个位点发生了DNA甲基化，包括697个碱基对。
这表明，在小麦与叶锈菌互作的过程中，基因组DNA的甲基化状态发生了广泛的变化。
2.基因组DNA甲基化类型的变化
我们检测到的211个DNA甲基化的位点中，包括了5种不同的甲基化类型。这些类型分别是CG甲基化、CHG甲基化、CHH甲基化、CHCG甲基化和CHHCG甲基化。
其中，CG甲基化和CHG甲基化是两种主要的甲基化类型。在控制组中，CG甲基化和CHG甲基化的比例接近，分别占34.09%和34.67%。在实验组中，CG甲基化和CHG甲基化的比例也接近，分别占33.71%和35.50%。
这表明，在小麦与叶锈菌互作的过程中，不同的DNA甲基化类型的变化可能发挥着不同的作用。
3.表观遗传变异的分析
我们对211个发生DNA甲基化变化的位点进行了函数注释和基因Ontology分析，发现这些位点涉及了多个免疫反应相关的基因。
同时，我们对位点发生甲基化变异的基因进行了差异表达的分析，发现这些基因在小麦与叶锈菌互作的过程中，会发生明显的表观遗传变异。
综上，我们的中期实验结果表明，在小麦与叶锈菌互作过程中，基因组DNA甲基化状态发生了广泛的变化，并且这些变化可能会引起基因表达的差异，从而影响小麦对叶锈菌的免疫反应。