扬子鳄基因组文库的构建的任务书.docx

扬子鳄基因组文库的构建的任务书
任务书：扬子鳄基因组文库的构建
一、任务背景
扬子鳄（Alligatorsinensis）是我国特有的珍稀爬行动物，是鳄形目鳄科扬子鳄属中的唯一种类，具有生态学、行为学、生物成长等多个方面的研究价值。近年来，由于野外生存环境的破坏和人类活动的影响，扬子鳄的数量骤减，已经濒临灭绝。因此，为了保护扬子鳄，了解其生态周期、遗传变异、适应性进化等规律，对其进行基因组学研究便显得格外重要。
二、任务目标
本任务旨在建立扬子鳄的基因组文库，完成对扬子鳄的基因组序列数据的初步获取和分析，为今后深入探究扬子鳄的基因修饰、基因调控和基因功能提供基础数据支持，为扬子鳄保护工作提供科学依据。
三、任务内容
1.扬子鳄样本采集：在合法的监管下，从野外扬子鳄种群中搜集3-5只扬子鳄，应采取无痛苦的方法，遵守道德原则。
2.基因组DNA提取：使用基因组提取试剂盒提取扬子鳄组织样本中的基因组DNA。
3.基因组文库构建：采用IlluminaHiSeq平台对扬子鳄基因组进行测序并进行序列拼接、过滤、装配等处理,构建完整的扬子鳄基因组文库。
4.基因组信息分析：进一步分析扬子鳄基因组文库的数据，包括基因组大小、GC含量、重复序列等特征，以及基因识别、拷贝数、多态性等分析。
5.基因组注释：建立基于扬子鳄基因组结构特征的基因组注释数据库，注释扬子鳄基因组序列中的基因功能、编码区域、非编码RNA等信息。
四、任务保障
1.环境保护和野生动物保护：
（1）遵守相关法律法规，获得采集证等必要证照。
（2）对扬子鳄采集、处理过程中，严格遵守相关伦理和动物福利标准，保证动物的安全和福利。
2.基本设备保障：
（1）常规实验仪器设备（比如PCR仪，Gel电泳仪等）。
（2）高通量测序平台（IlluminaHiSeq等）。
3.实验人员和技术保障：
（1）实验人员应具有相关专业的理论和实践经验。
（2）确保实验室规范管理、实验操作规范化。
（3）技术人员应具有扎实的生物信息学基础，具备进行大规模高通量数据分析的能力和经验。
五、任务进度安排
本任务的时间进度安排如下：
1.扬子鳄样本采集：3个月。
2.基因组DNA提取：1个月。
3.基因组文库构建：5个月。
4.基因组信息分析：6个月。
5.基因组注释：3个月。
六、预期成果
完成扬子鳄基因组文库构建，得到扬子鳄基因组序列数据，并对其进行初步的数据分析和注释，得到以下预期成果：
(1)获取扬子鳄基因组序列数据，获得扬子鳄基因组特征和变异信息。
(2)注释和鉴定基因信息，为扬子鳄基因功能和基因调控机制的研究提供数据支持。
(3)为扬子鳄的保护提供科学依据，促进全球爬行动物研究和保护工作。