大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)基因分子标记筛选与定位的任务书.docx

大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)基因分子标记筛选与定位的任务书
任务书
一、任务描述
芥菜素葫芦属病毒（Turnipmosaicvirus,TuMV）是一种重要的植物病毒，被认为是导致大白菜、花椰菜、萝卜等十字花科蔬菜叶片黄化、畸形、卷曲等大面积病害的原因之一。如何对大白菜进行抗芜菁花叶病毒的分子标记筛选与定位，是当前植物病毒研究的一项重要任务。
二、主要研究内容
1.收集大白菜的遗传资源，筛选具有抗芜菁花叶病毒能力的品种或种质资源；
2.基于已有的大白菜全基因组测序数据，选择合适的标记类型，设计和优化相应的引物，对遗传资源进行PCR扩增；
3.利用构建好的DNA样品混合物来建立关联分析群体，进行群体遗传学分析；
4.利用建成的关联分析群体，进行分子标记筛选，确定与抗芜菁花叶病毒相关的分子标记；
5.选取已知的或建立自行构建的大白菜基因组物理图谱与分子标记进行比对，确定标记位点靠近的物理位置；
6.筛选表达芜菁花叶病毒时差异表达的相关基因，评估其作用；
7.对确定的位置进行进一步深入的研究，逐步精细化确定一个或多个抗病基因。
三、研究思路与方法
1.收集大白菜遗传资源。在全国范围内收集大白菜不同品种或种质资源，筛选其中抗芜菁花叶病毒能力较强的品种或种质资源。
2.根据大白菜全基因组测序数据选择合适的标记。利用大白菜全基因组序列进行分析和预测，选择合适的标记类型，考虑到PCR扩增问题，设计和优化相应的引物。
3.群体遗传学分析。利用DNA样品混合物建立关联分析群体，进行群体遗传学分析，如构建联锁图、确定连锁群等。
4.分子标记筛选。利用建成的关联分析群体，进行分子标记筛选，确定与抗芜菁花叶病毒相关的分子标记，如选择具有高鉴别力的SNP标记。
5.物理位置比对。选取已知的或建立自行构建的大白菜基因组物理图谱与分子标记进行比对，确定标记位点靠近的物理位置，如通过深度测序方法确定标记之间的连锁关系。
6.评估差异表达相关基因。筛选表达芜菁花叶病毒时差异表达的相关基因，进行表达模式分析，评估其作用等。
7.确定一个或多个抗病基因。逐步精细化确定一个或多个抗病基因，并通过功能性分析、遗传重组等方法进行验证。
四、任务周期
本研究任务的周期约为两年，包括样品收集和分类、分子标记设计和优化、PCR扩增、关联分析和物理位置比对、差异表达基因筛选、抗病基因验证等多个阶段。
五、成果目标
本项目的研究成果有望为大白菜芜菁花叶病毒的抗性遗传机制研究提供重要的理论依据和技术支撑，为深化大白菜分子育种和病害防控提供有益的科学依据。具体成果目标包括：
1.筛选到一批与大白菜抗芜菁花叶病毒相关的分子标记；
2.精细定位至少一个抗芜菁花叶病毒相关的基因位置；
3.经过功能分析验证至少一个抗芜菁花叶病毒的基因；
4.发表相关论文，并参加学术会议进行交流和宣传。