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食蟹猴mtDNA全基因组研究的任务书
任务书：食蟹猴mtDNA全基因组研究
一、研究背景
食蟹猴（Macacafascicularis）是一种广泛分布于东南亚及其附近海岸地区的灵长类动物。由于其数量众多且容易饲养驯化，食蟹猴一直被广泛应用于医疗、行为学、毒性学及基因遗传学等研究领域。其mtDNA全基因组序列的研究，则能够提供更为详尽的分类学、演化、基因功能等方面的信息。
二、研究目的
1.测定食蟹猴mtDNA全基因组序列，构建其进化树。
2.分析食蟹猴mtDNA全基因组序列中的SNP位点，探讨其与进化、生物学特性的关系。
3.研究食蟹猴mtDNA全基因组序列在潜在的药物和毒物代谢相关基因的编码区域，为毒理学和药理学研究提供参考。
三、研究方法
1.样品采集：从成年雄性食蟹猴腹部皮肤组织中提取DNA样本。
2.测序：使用IlluminaHiSeqXTen平台进行mtDNA全基因组测序，生成2×150bp的双端测序数据。
3.序列拼接和注释：使用基于deBruijn图的序列拼接软件（如SPAdes或SOAPdenovo等）对原始序列进行拼接，并使用MITOS在线注释工具进行基因预测与注释。
4.进化分析：利用MegaX等软件进行测序质量控制和序列比对，并使用模型选择和贝叶斯推断等方法建立进化树。
5.SNP分析：使用GATK等软件进行变异位点的检测、过滤和注释，并进行基于基因功能、进化保守性等方面的进一步分析。
6.编码区域分析：对于药物和毒物代谢相关的基因编码区域进行比对、注释和功能预测，并探讨其在生物学和药理学研究中的潜在应用价值。
四、研究意义
食蟹猴是临床及生物医学研究中广泛应用的模式动物之一，其mtDNA全基因组序列的研究将有助于更为全面地认识其进化历史和系统发育关系，并提供基于mtDNA序列的快速标识和物种鉴别的可靠方法。此外，对食蟹猴mtDNA全基因组序列的研究还可为其基因功能及生理学特性的探究提供支持，以及为药理学和毒理学研究提供新的参考。
五、研究时间节点
本研究计划于2021年9月开始，预计于2022年9月完成食蟹猴mtDNA全基因组序列的测定和研究，并于2022年12月提交相关研究成果。
六、研究经费
本研究经费预计为70万元，用于样品采集、测序、数据分析等方面的支出。
七、研究团队
本研究团队为由生物学、分子生物学及生物信息学等领域专家组成的团队，由三名研究生及指导教师共同完成研究任务。研究生将参与样品采集、DNA提取、测序数据分析等工作，指导教师将负责研究设计、实验指导及数据分析等工作。
八、研究评估
本研究将接受学院科研评审委员会的评估，并根据其研究成果和学术价值进行公开发表和报告。同时，本研究将严格遵循动物研究伦理原则，在实验过程中注意动物福利和保护。