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目的自然语言处理基本概念(2)基本概念(3)人工标引genenormalizationHGNCdatabaseofhumangenenamesHUGOGeneNomenclatureCommitteehttp://www.genenames.org/网上在线检索的基因名称信息下载的基因名称信息NER的原理词表之间的联系http://pir.georgetown.edu/pirwww/iprolink/biothesaurus.shtml术语识别工具http://www.ebi.ac.uk/webservices/whatizit/info.jsfhttp://pages.cs.wisc.edu/~bsettles/abner/发现关系关联度关系抽取:共现返回结果:关系抽取:确切关系SemanticKnowledgeRepresentationhttp://mmtx.nlm.nih.gov/MetaMap工作原理MetaMap工作原理:切分MetaMap工作原理:产生变形体检索候选词及候选词的评价关系抽取:PPI发现关系的工具http://text0.mib.man.ac.uk/software/facta/main.htmlGoDisease+iHOP+Cytoscape发现:Discovery文本挖掘的应用实例背景与意义DonR.Swanson的研究DonR.Swanson的研究 Medline文献集合闭合式的知识发现ARROWSMITH3.0Asthmafamous?哮喘名人SYK:脾酪氨酸激酶SYK:脾酪氨酸激酶过敏性鼻炎—SYK—痛风B:基因和分子序列等语义类型TOLLreceptor可作为生物武器的潜在病毒发现科研机构间潜在的合作方向开放式的知识发现BITOLAhttp://www.mf.uni-lj.si/bitola/BITOLA内容运用文献轮廓挖掘微阵列表达数据DamienChaussabelAlanSher目标文献轮廓研究步骤1.检索文献1.检索文献1.检索文献2.分析文本3.过滤数据RANTES3.过滤数据3.数据过滤3.数据过滤4.聚类分析聚类分析4.聚类分析4.聚类分析4.聚类分析聚类分析单词出现模式的分析不同关联程度的基因组用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达数据用文献轮廓挖掘大肠癌转移芯片表达谱GenCLIP文本挖掘的过程R统计分析软件MedlineRMedlineRMedlineRMedlineRMedlineRMedPost