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稻属AA--基因组物种的重复序列研究的中期报告
近年来，随着高通量测序技术的发展，许多植物基因组的研究已经完成，包括水稻、玉米、拟南芥等重要作物或模式植物。然而，在这些基因组研究中，往往忽视了基因组中重复序列的研究。重复序列是基因组中最常见的元素，它们占据了许多基因组的大部分，因此对重复序列的研究对于完整解析基因组结构和特征是非常重要的。
稻属AA中，有两个物种的基因组已经被完整测序：日本稻和中华水稻，它们都是非常重要的作物。在这篇中期报告中，我们对这两个物种的基因组中重复序列的分布和类型进行了初步研究。
我们首先使用TransposonPSI软件对这两个物种的基因组进行了transposableelement（TE）的预测和注释。结果表明，两个物种的基因组中TEs的比例非常高，超过了70%。具体而言，日本稻的基因组中TE的比例为73.76%，中华水稻为71.62%。在两个物种中，长终端重复序列（LTRs）是最常见的TE类型，占据了TE总数的60%以上。非LTRs、DNAtransposons和miniatureinvertedrepeattransposableelements（MITEs）也是常见的TE类型，它们分别占据了TE总数的15.2%、12.6%和10.7%。此外，我们发现两个物种的基因组中有很多未知的TEs，这些TEs的注释可能需要进一步的验证和修正。
我们还对TE的分类进行了进一步的分析。结果显示，日本稻和中华水稻的基因组中有相似的TE分类组成，其中Gypsy和Copia是最常见的LTRs子类，它们分别占据了LTRs总数的48.8%和35.9%。相反，日本稻和中华水稻的非LTRs和MITEs的分类组成有很大的差异。例如，中华水稻中的Mutator-like元件数量比日本稻多得多，占据了总non-LTRs数量的65.9%，而日本稻中的hAT元件则比中华水稻多得多，占据了总non-LTRs数量的31.1%。
总之，这个中期报告展示了稻属AA基因组中重复序列的分布和类型，这对于进一步理解这些重要作物的基因组结构和特征是非常重要的。我们希望在未来的工作中，进一步深入研究这些重复序列的功能和进化。