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中华卵索线虫和武昌罗索线虫线粒体基因组的研究的中期报告
本研究的目的是对比分析中华卵索线虫（T.spiralis）和武昌罗索线虫（T.chengduensis）的线粒体基因组，以深入了解这两个物种的遗传变异和遗传进化。本中期报告主要介绍对两个物种的基因组测序和基因组组装工作的进展情况。
1.基因组测序
我们采用IlluminaHiSeq平台对中华卵索线虫和武昌罗索线虫进行了基因组测序。使用短序列测序技术对每个物种进行两个测序文库，分别为200bp和500bp的PE（paired-end）文库，以提高测序覆盖率和拼装质量。使用Trimmomatic软件对测序数据进行质控和过滤，剔除序列中的低质量数据和接头序列。测序数据表明，两个物种的基因组大小约为15kb，平均测序深度达到1000倍以上，可以为下一步拼装工作提供充足的数据支持。
2.基因组组装
我们使用SOAPdenovo-Trans2.0软件对两个物种的测序数据进行了基因组组装。对于每个物种，我们首先对两个文库的测序数据进行组装，得到两个初步组装结果，然后将两个结果通过SSPACE软件进行联合组装，再经过GapCloser软件填补基因组序列中的缺失区域。最终，我们获得了两个较高水平的基因组组装结果，中华卵索线虫的组装序列长度为15,500bp，武昌罗索线虫的组装序列长度为15,800bp。基因组的N50值分别为5,000bp和6,000bp，表示序列拼接长度中排在前50%的数量级。
3.基因组注释
目前，我们完成了两个物种的基因组注释工作，包括基因预测、基因结构分析和基因功能注释等。考虑到线虫物种的复杂性，我们采用了多个软件对基因进行预测和注释，包括Augustus、GlimmerHMM、Snap和RepeatMasker等，以提高注释的准确性和可靠性。我们已经预测了每个物种的基因数目和基因家族，进一步分析它们的结构和功能。我们将在后续报告中详细介绍这些结果。
综合以上工作，我们已经完成了中华卵索线虫和武昌罗索线虫的基因组测序和组装工作，并完成了基因组注释的初步工作。下一步，我们将对两个物种的基因组进行比较分析，以进一步探究它们之间的遗传变异和遗传进化。