萝卜NBs-LRR与STK类抗病基因同源序列鉴定及表达特征分析的任务书.docx

萝卜NBs-LRR与STK类抗病基因同源序列鉴定及表达特征分析的任务书
任务书：萝卜NBs-LRR与STK类抗病基因同源序列鉴定及表达特征分析
任务背景：
萝卜是世界上最重要的蔬菜作物之一，具有丰富的营养和特殊的香味，深受人们喜爱。然而，在种植过程中，萝卜很容易感染多种病毒、细菌和真菌，导致产量和品质下降。萝卜和其他植物的抗病性状受到多个基因的控制，其中最重要的是识别并响应病原体的抗病基因（R基因）。这些R基因可以通过不同的途径来识别和响应病原体的侵染，其中最重要的途径是利用神经胶质瘤类受体（NB-LRR）和植物球蛋白激酶（STK）家族的蛋白。
任务目标：
本任务旨在鉴定萝卜中的NB-LRR和STK类抗病基因的同源序列，并分析其在萝卜中的表达特征，以期进一步了解萝卜抗病性的分子机制，为萝卜的良种选育和病害防治提供科学依据。
任务内容：
1.鉴定萝卜中的NB-LRR和STK基因家族的同源序列
通过blast比对和phylogenetictree（系统发育树）构建等方法，鉴定萝卜中的NB-LRR和STK基因家族的同源序列。
2.基于基因组测序和转录组测序数据库分析NB-LRR和STK基因家族的表达特征
利用已有的萝卜基因组和转录组测序数据，分析NB-LRR和STK基因家族的表达特征，包括其在不同组织、不同发育阶段和对不同逆境条件下的表达水平和表达模式。
3.基于数据库分析NB-LRR和STK基因家族的功能注释
利用基因功能注释数据库，如KEGG、GO、COG和Pfam等，分析NB-LRR和STK基因家族的功能特征，探讨其与萝卜抗病性之间的关系。
4.提出策略和建议
根据上述分析结果，提出助于萝卜良种选育和病害防治的策略和建议。
任务步骤：
1.收集萝卜基因组和转录组测序数据
2.检索和下载NB-LRR和STK基因家族的同源序列
3.构建系统发育树，分析同源序列的进化关系和功能分类
4.分析NB-LRR和STK基因家族在不同组织中的表达特征，包括其在花、叶、根等组织中的表达水平和表达模式
5.分析NB-LRR和STK基因家族在不同发育阶段的表达特征
6.分析NB-LRR和STK基因家族在不同逆境条件下的表达特征
7.利用KEGG、GO、COG和Pfam等数据库对同源序列进行功能注释和分类
8.结合上述分析结果，提出助于萝卜良种选育和病害防治的策略和建议
参考文献：
1.ZhangY,LiuY,LiX,etal.Genome-wideidentificationandanalysisoftheVQmotif-containingproteinfamilyinChinesecabbage(Brassicarapassp.pekinensis)[J].FrontiersinPlantScience,2016,7:1062.
2.NiuX,QiJ,ZhangG,etal.Genome-wideidentificationandfunctionalcharacterizationofthePopulustrichocarpaSINAE3ubiquitinligasegenefamily[J].FrontiersinPlantScience,2019,10:1177.
3.SunC,LiY,WuQ,etal.Genome-wideidentificationandcharacterizationofHsp70genefamilyinradish(RaphanussativusL.)[J].InternationalJournalofMolecularSciences,2020,21(10):3653.