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人肺鳞癌相关差异表达基因和基因表达谱的研究的任务书
任务概述：
本次研究的主要任务是在人肺鳞癌（LUSC）中寻找与正常肺组织的差异表达基因以及建立基因表达谱，以深入探究肺鳞癌的发病机制和诊断标志物的筛选。具体任务如下：
任务一：搜集LUSC和正常肺组织的基因表达数据
收集LUSC患者和正常人肺组织的全转录组测序数据，从公共数据库如GEO（GeneExpressionOmnibus）和TCGA（TheCancerGenomeAtlas）等中获取数据。
任务二：预处理和质量控制
对原始数据进行预处理和质量控制，包括FASTQ格式转换、过滤低质量序列和剔除接头序列等预处理，使用Trimmomatic、FastQC等软件进行数据质量评估。
任务三：差异表达基因筛选和分析
利用多种流行的差异表达分析工具如DESeq2、edgeR等，筛选出与正常肺组织相比，在LUSC中显著差异（P值<0.05、|log2foldchange|>1）的基因，并进行GeneOntology（GO）功能注释、KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes（KEGG）通路富集分析。
任务四：构建LUSC的基因表达谱
根据筛选的差异表达基因建立LUSC的基因表达谱，采用层次聚类、主成分分析（PCA）等无监督学习算法和支持向量机（SVM）、随机森林（RF）等监督学习算法进行分类分析和模型构建。
任务五：进一步验证差异表达基因
使用RT-qPCR（Real-timequantitativePCR）等实验技术，对筛选出的差异表达基因进行验证，检验差异表达基因分析的可靠性和准确性。
任务六：编写研究报告
根据研究结果撰写研究报告，列出实验方法、结果和结论，并提出针对肺鳞癌研究的未来展望和建议。
任务七：展示研究成果
在相关学术期刊上发表研究论文，并参加相关学术会议，展示研究成果，和其他领域专家交流和合作，提升学术影响力。