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普通野生稻miRNA的鉴定与分析的中期报告
中期报告
本研究旨在鉴定和分析普通野生稻中的miRNA。目前已完成初步的实验设计和样品采集，并进行了总RNA的提取与纯化。下一步将进行小RNA的文库构建和高通量测序，并对测序结果进行数据分析和差异表达分析。
实验设计和样品采集
使用普通野生稻Oryzarufipogon作为研究对象，选择生长10天的幼苗作为实验材料。按照Trizol方法提取了总RNA，并经过DNaseI处理去除DNA污染。通过NanoDrop和Agilent2100等设备检测RNA的质量和纯度，RNA质量均符合要求。
小RNA文库构建和高通量测序
将提取的总RNA经过PAGE和辅助聚合物凝胶电泳纯化出16-30nt的小RNA分子，然后使用TruSeqSmallRNASamplePrepKit进行小RNA的文库构建。构建的小RNA文库经过IlluminaHiSeq测序，获得原始测序数据约1000万条reads。
数据分析和差异表达分析
针对测序数据进行质量控制、adapter剪切、低质量去除和过滤，得到有效reads约900万条。使用miRDeep2和miREvo等软件进行miRNA的鉴定和预测，并使用DESeq2对不同样品组之间的miRNA表达水平进行比较和差异表达分析。
结论
目前完成了普通野生稻miRNA鉴定和分析的初步实验设计和样品采集，同时完成了总RNA的提取和纯化，构建了小RNA文库并进行了高通量测序。下一步将进行数据分析和差异表达分析，预计将获得更为详细的miRNA表达谱和功能注释信息，以期深入研究普通野生稻的miRNA功能。