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云南炭化稻古DNA的提取、扩增及序列分析的中期报告
该项目的目的是对云南地区发掘的炭化稻谷进行古DNA分析，以研究新石器时代早期稻作农业的起源和演化。目前，我们已经完成了样品的DNA提取、扩增和测序分析。
首先，我们从云南地区发掘的炭化稻谷中提取了6个样品的DNA。通过PCR扩增细叶状芽孢杆菌16SrRNA基因序列对样品的DNA进行筛选，确定其中4个样品中含有足够数量的古DNA。
接下来，我们对这4个样品的DNA进行多重PCR扩增，扩增出了6个古DNA片段。经过测序和分析，这6个片段分别为：稻瘟病毒VPg、水稻基因OsGlu1、OsMaT、StarchSynthase、Waxy和Amylose。其中，水稻基因OsGlu1、OsMaT、StarchSynthase、Waxy和Amylose分别与水稻的淀粉合成、淀粉质量和花青素合成等功能相关。
最后，我们对这6个DNA片段的序列进行了比对和分析。比对结果显示，这些古DNA序列中存在着多个碱基的SNP位点，可能反映了早期稻作农业在云南地区的起源和演化。继续深入分析这些SNP位点的遗传变异和群体遗传结构，有望为探究早期稻作农业的起源和演化提供重要的线索。
总体来说，我们已经完成了炭化稻古DNA提取、扩增和序列分析的中期工作，目前正进行进一步的数据分析和细化。