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木质纤维素降解真菌斜卧青霉的比较基因组学与功能基因组学研究的综述报告
【综述报告】
随着能源危机的日益加剧，利用生物质制备生物燃料以代替化石燃料成为了发展的热点之一。而要实现生物质的高效利用，需要从木质纤维素这一主要成分入手。而真菌在木质纤维素降解中发挥着不可替代的作用。斜卧青霉（Aspergillusnidulans）作为该领域的重要模式菌，得到了广泛的研究。
本文将从比较基因组学和功能基因组学两个层面综述斜卧青霉的木质纤维素降解相关研究现状。
一、比较基因组学
通过比较斜卧青霉的全基因组序列和其他真菌的序列，可以了解斜卧青霉与其他真菌在基因组构成、功能分布上的异同。
1.基因组大小和结构
斜卧青霉的基因组大小为30Mb左右，比较大的一个模式菌。与同样为模式菌的酿酒酵母相比，斜卧青霉的基因组要大上许多。该基因组中有约14,000个基因，编码了包括木质纤维素降解酶在内的多种功能蛋白。
2.木质纤维素降解酶的分布
斜卧青霉的基因组中含有250多个木质纤维素降解酶编码基因。这些基因广泛分布在基因组不同区域，且不同样品中的若干木质纤维素降解酶符合特定的表达模式。其中，GH在斜卧青霉基因组中广泛分布，CE1和CE4则富集在空侧、壳聚糖和甲基半乳糖醛酸等复杂多糖酶环境中。这一分布特点可以为优化木质纤维素降解代谢网络提供指导意义。
3.同源和差异性基因
比较斜卧青霉基因组和其它木质纤维素降解真菌的基因组，可以发现一些同源或差异性基因。与其它木质纤维素降解真菌相比，斜卧青霉基因组中含有较多的木质素乙酰化酶（Acetylxylanesterases,AXEs）和红木聚糖酶（Mannanases,MNs）编码基因，这些基因对木质素和纤维素降解都发挥着重要作用。同时，斜卧青霉的基因组中还含有一些与特定细胞壁多糖降解相关的基因，如α-葡聚糖酶（α-glucuronidases）和木聚糖酰化酶（xyloglucanacetyltransferases），这些基因在其他木质素降解真菌中少见。因此，斜卧青霉在木质纤维素降解上具有一定的独特性。
二、功能基因组学
功能基因组学是对木质素降解代谢网络的深入研究。该研究可以通过遗传方法，找到生物体内特定代谢通路和基因参与的调控网络等信息。
1.替代木质素降解途径的发掘
近年来，研究者们利用营养缺乏策略，发掘了斜卧青霉中用于可提高产率的途径。只用十年，大大小小有不同程度地降低了木质素降解所需的基因组组件的突变体和，其中一些突变表现出明显的生长劣势。这些研究揭示了斜卧青霉适应复杂木质素亚基的新策略，并为实现细胞物质重复利用经济化提供了思路。
2.通过PtaA磷酸酯酶矫正代谢流的转移
斜卧青霉在适应利用木材降解的同时，面临着实质和维持生命所需有机碳和酵素成本之间的权衡。因此，PtaA磷酸酯酶被认为具有成为拓扑恢复基因的潜力，在代谢流转移或其他紧急情况下，调节碳和氮分配。研究表明，PtaA激活能力的调整可以极大地改善代谢流的分布，从而提高了木质纤维素降解的效率。
3.基于蛋白质数据的分析
蛋白质数据可以为功能基因组学研究提供很多有价值的信息，如斜卧青霉在降解过程中关键蛋白质的鉴定、蛋白质亚细胞定位及交互作用等。基于斜卧青霉水解木质素的最有效路线，研究者测定了生长在木质素和纤维素上的斜卧青霉幼胞的蛋白质组。研究发现，这些幼胞在与木质素共同生长时，蛋白质产生了显著的修饰，这暗示了环境应变的即时反应。
以上是对斜卧青霉的比较基因组学和功能基因组学研究的综述。该研究可优化斜卧青霉在木质纤维素降解中的效率和特异性，为生物质的高效利用提供了理论指导。