可用于实时荧光定量PCR标准化的白桦内参基因-(完整版)实用资料.doc

可用于实时荧光定量PCR标准化的白桦内参基因（完整版）实用资料
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收稿2021-05-13修定2021-07-30
资助黑龙江省自然基金重点项目(ZD202118和中央高校基本科研业务费专项资金(DL09BA14。
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通讯作者(E-mail:yaguangzhan@126;Tel:0451-********。
可用于实时荧光定量PCR标准化的白桦内参基因
尹静1,任春林1,詹亚光1,*,滕文华2,陈秀福1,王玉成3,孙红冉1
东北林业大学1生命学院;2帽儿山实验林场,3林学院,哈尔滨150040
提要:为了快速、准确的对白桦多个样品进行基因表达分析,本研究应用荧光定量PCR技术,对白桦持家基因微管蛋白基因(Tu和泛素基因(UbQ在不同处理的细胞及不同树龄或不同生长季节白桦植株各部位表达的稳定性进行检测。结果表明,对于茉莉酸甲酯(MeJA、水杨酸(SA处理的白桦细胞和不同生长季节白桦植株的基因定量表达分析,可同时使用Tu和UbQ平衡化qRT-PCR数据;而针对不同树龄白桦茎皮中基因表达研究时,单独使用UbQ基因作为内参对照即可获得精确的表达数据。
关键词:白桦;实时定量PCR;持家基因
SelectionofInternalControlGenesforReal-TimeRT-PCRNormalizationinWhiteBirch(BetulaplatyphyllaSuk.
YINJing1,RENChun-Lin1,ZHANYa-Guang1,*,TENGWen-Hua2,CHENXiu-Fu1,WANGYu-Cheng3,SUNHong-Ran1
1
CollegeofLifeSciences,2MaoershanExperimentalForestryCenter,3CollegeofForestry,NortheastForestryUniversity,Harbin
150040,China
Abstract:Inordertofacilitaterapidandaccurategeneexpressionanalysisofmultiplesamplesfrombirch,theexpressionstabilityofhousekeepinggenessuchasgenescodingmicro-tubeprotein(Tuandubiquitin(UbQwereassessedbyqRT-PCRusingasetofcDNAsfromdifferentbirchsamplesincludingcellsafterdifferenttreatmentsanddifferentpartsofbirchplantsindifferentagesordifferentgrowingseasons.Theresultssug-gestedthattheTuandUbQgenescouldprovidedsuperiortranscriptnormalizationinbirchcellstreatedwithdifferentelicitors(MeJAandSA,andbirchplantsindifferentgrowingseasons,whileUbQgenewastherecommendedreferencegeneforgeneexpressionstudiesusingcDNAsfromwhitebirchbarkindefferentyears.
Keywords:birch;real-timeRT-PCR;housekeepinggene实时定量PCR(quantitativereal-timePCR,qRT-PCR因为快速、灵敏和定量的特点,已经成为分析基因转录水平及进行芯片和微点阵数据验证的常用手段,这种方法比传统的Northern杂交更安全和精确,并且所需起始材料的量较少。但是实验过程会因为RNA的质量和数量、cDNA合成效率以及PCR扩增的差异而导致结果严重偏差(Vandesompele等2002。为了得到更精确的数据,通常需要一个和多个内对照基因来平衡化qRT-PCR数据。目前一般选择持家基因(housekeepinggene作为内对照,持家基因编码的蛋白是维持细胞结构和基本代谢所必需,所以其表达水平在各种环境下基本保持一致。持家基因包括泛素(ubiquitin,UbQ、肌动蛋白(actin、微管蛋白(tubulin,Tu、组蛋白(histone、18SrRNA以及甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase,
GAPDH等基因。然而,很多持家基因的表达水平随着环境的改变和组织部位的不同