分子标记技术(ISSR).ppt

ISSR(Inter-simplesequencerepeat)分子标记技术分子标记的概念分子标记的特点分子标记的类型
③基于PCR的分子标记，它又分为两类：

RAPD（RandomamplifiedpolymorphicDNA）
DAF（DNAamplificationfingerprinting）
SSCP（Singlestrandconfirmationalpolymorphism）
小卫星DNA（MinisatelliteDNA）
微卫星DNA（MicrosatelliteDNA）,又称SSR（Simplesequencerepeat）
ISSR（Intersimplesequencerepeat）
AP-PCR（ArbitraryprimerPCR）
它主要有SCAR（Sequencecharacterizedamplifiedregion）
STS(Sequencetaggedsite)
AFLP（Amplifiedfragmentlengthpolymorphism）
AFLP是先酶切，再用特殊设计的引物进行扩增

CAPS（Cleavedamplifiedpolymorphicsequence）
CAPS是先扩增，再酶切扩增片段

微卫星DNA
Microsatellite，MS/SimpleSequenceRepeat,SSR
短的，简单的串联重复序列；
基元是1-6个碱基(有的定义为1-5个碱基)；
广泛存在于真核细胞整个基因组的不同位置上；
高度多态性(微卫星DNA长度的多态性)；
微卫星DNA两端多是高度保守的单拷贝序列；
共显性标记。
ISSR原理简介ISSR分子标记的特点特性ISSR实验流程引物设计是ISSR技术中最关键、最重要的一步。基因组中SSR一般为2~6个寡聚核苷酸，用于ISSR的引物常为5’或3’端加锚定的二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重复序列，重复次数一般为4~8次，使引物的总长度达到16~18bp。5’或3’端用于锚定的碱基数目一般为1~4个，锚定的目的是引起特定位点退火，使引物与相匹配SSR的一端而不是中间结合，从而对基因组中特定片段进行扩增、检测。由于植物基因组中SSR最多的是(AT)n、(TA)n、(GA)n、(CT)n等二核苷酸重复序列，在选择ISSR引物时，应以二核苷酸重复序列为主，少选寡聚三核苷酸、四核苷酸引物。
PCR产物需经电泳分离、染色显示后才能进行谱带观察、统计。琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳是目前通用的两种电泳技术。一般采用1.5%-2%的琼脂糖凝胶电泳或5%-8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳。前者EB染色紫外光下观察、拍照；后者经银染可见光下观察记录，拍照。一般当琼脂糖电泳分离效果不理想时采用聚丙烯酰胺凝胶电泳。谱带统计分析采用相关软件NTSYS或PAUG。应用领域
种质资源鉴定
遗传作图
基因定位
遗传多样性
系统与进化
分子生态学
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