浅谈系统发育分析及进化树制作.ppt

浅谈系统发育分析及进化树制作人类偏肺病毒的确认分子系统发育分析

基因树和物种树物种树人类偏肺病毒的确认SARS“新”型冠状病毒找到建树目的基因（基因组）
进行多序列比对Distance-basedmethods基于距离的方法
Unweightedpairgroupmethodusingarithmeticaverage(UPGMA)非加权分组平均法
Minimumevolution(ME)最小进化方法
Neighborjoining(NJ)邻位归并法

Character-basedmethods基于特征的方法
Maximumparsimony(MP)最大简约法
Maximumlikelihoodmethod(ML)最大似然法

计算速度
距离法>最大简约法>最大似然法
基于距离的方法
首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系。

基于特征的方法
不计算序列间的距离，而是将序列中有差异的位点作为单独的特征，并根据这些特征来建树。系统发育树构建的分析过程
ClustalX（序列比对软件）
Modeltest&MrModeltest(碱基替换模型筛选软件)
PHYLIP
MEGA
PHYML
PAUP
BEAST
Figtree(树形显示软件）
TreeView（树形显示软件）

用截然不同的距离矩阵法与简约法分析一个数据集，如果能够产生相似的系统发生树，这样的树可以认为是可靠的

用Bootstrap（自展法）检验

从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列
重复上面的过程，得到多组新的序列
对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性
一般Bootstrap重复取样次数要大于100（一般文章要求1000），根据每个分支在不同此取样时出现的频率赋予该分支一个百分比。
如果严格根据统计学概念，该百分比要大于95％采认为该分支的较为可信。在实际应用中该值大于75％就认为可信，细菌等相似度更大的分类中，大于50%就可以认为可信。A.重新取样(100-1000time).B.每组取样重建进化树.C.计算各分支出现的可信度
得到CA16VP1序列，利用MEGA软件进行处理和分析序列：
1）用MEGA软件对多序列进行比对，建立MEGA软件构建进化树的数据格式（两端对齐，fasta格式输出）；
2）用N-J法构建基因进化树；
3）对所构建的进化树进行加工处理。
实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）2025/11/4实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）实例讲解：（建立肠道病毒CA16VP1的基因树）3839404142距离没有意义怎样确定树根？2025/11/4