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质谱数据分析2014.ppt

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复习蛋白质组学研究的目标IonizationmethodsMALDIm/zspectrumofapeptidemixtureTheQuadrupoleCollectsandstoreionsinordertoperformMS-MSanalysesonthem.14蛋白质组学研究的目标Top-downproteomics多肽质量纹鉴定多肽质量纹鉴定蛋白序列数据库ProteinsequencedatabaseUniprot（包含Swissprot和Tremble）Integr8FASTA格式的数据库虚拟酶解质量排列肽和肽键质量排列质量纹质量纹PMF中的问题质量相近的多肽解决方案多匹配长蛋白和短蛋白多个蛋白的情况多肽质量纹：小结蛋白质组学研究的目标利用二级质谱图利用二级质谱图典型二级质谱图转换成MGF文件母离子的碎裂过程b150小练习答案一些常见的其它离子NeutralLoss和ImmoniumIons表多肽的修饰Unimod小练习2答案其它可能的离子理论质谱图与实验质谱图通过denovo方法手工鉴定以下二级质谱图代表的多肽序列九步鉴定法九步鉴定法67b2离子的m/z表手工鉴定二级质谱图鉴定鉴定鉴定DenovoSequencing鉴定多肽的流程二级质谱图的数据库检索算法数据库搜索的思路数据库搜索的流程数据库搜索的流程这张谱图质量如何？还不错的匹配？同一张质谱图，不同的PSM评价标准随机匹配MASCOTscore86如何理解MASCOTscore其它的打分方式SEQUEST匹配的假阳性率发表蛋白质组学数据必须报告FDR为什么FDR如此重要？采用反相数据库法估计FDR采用反相数据库法估计FDR数据库搜索：小结小练习3一次实验共鉴定到了13个多肽，蛋白A-J包含这些多肽序列，请问样品中包含哪些蛋白ProteininferenceprobleminshotgunproteomicsProteinisoformsareusuallynotdistinguishable奥卡姆剃刀原理Usually，proteinsarereportedingroupsandfamilies蛋白鉴定的可信度蛋白质鉴定：小结不同搜索引擎的比较合并多个软件的结果可获得更多的鉴定蛋白质组学研究的目标多肽的修饰固定修饰和可变修饰数据库检索方法鉴定可变修饰Mascotresult113增加可变修饰的代价另一种策略翻译后修饰的位点磷酸化位点是T1还是T3？StillnotbesureSearchforknownsites121小结参考资料Take-homemessageofthiscourse思考题思考题谢谢大家！