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转录组高通量测序
2010-11-2209:48
（第二代高通量测序技术-454）转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代高通量测序仪平均读长超过400bp，在测序读长上遥遥领先于其它第二代高通量测序仪，使其成为转录组学研究的首选测序平台，已被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。一、罗氏454测序技术在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在：（1）测序序列长，便于聚类拼接，可以对转录本进行从头组装（denovoassembly）。（2）测序通量高，可以检测到低丰度转录本信息。（3）可以对无基因组参考序列的新物种进行转录组测序，发现新的转录本和亚型。（4）实验操作简单、结果稳定，可重复性强。无需进行克隆的文库构建，双链cDNA连接454接头后可以直接进行测序，实验周期短。（5）测序数据便于进行生物信息分析，可以进行基因差异表达分析、鉴定基因的可变剪切以及预测新基因。二、美吉公司在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在：（1）拥有自主实验室和高通量测序平台，可以根据客户要求灵活安排实验，实验周期短，取样方便，质量可靠。（2）技术人员经验丰富，可以稳定地进行总RNA的提取和双链cDNA的合成，可以根据顾客要求第一时间提供实验方案。（3）有专业的生物信息团队和大型计算机，可以为客户提供个性化的生物信息分析服务。（4）开放式实验室，参与式服务。客户不但可以参与整个实验过程，而且可以参与生物信息分析，提供最为增值的售后服务。三、服务流程（1）客户提供样本背景信息、实验目的和实验预期。（2）美吉公司设计实验方案，提供测序深度建议和生物信息分析建议。（3）客户认可实验方案，双方签订项目合作协议。（4）项目开始运作，美吉公司指定专人和客户保持无障碍沟通。（5）项目结束，美吉公司提供标准结题报告。（6）客户可以和美吉公司签订长期合作协议，享受折扣和VIP服务。四、送样要求（1）动物、植物、微生物组织：>请提供足量的新鲜样品，样品量≥5g；植物材料应避免过老的组织，尽量用柔嫩部位。>新鲜程度要求：采样后将样品立即液氮速冻－80℃保存（保存期不超过1个月），干冰运输，运输时间不超过72h。>样本保存期间切忌反复冻融。>样品质量合格与否的判断标准：RNA提取后经变性电泳，各RNA条带清晰，比例适中，完整性好，无降解。>填写完整的送样订单（请点击下载），提供尽量详细的物种基因组背景资料信息，如：基因组大小，基因平均长度，预计表达的基因数量等待。用自封袋密封后随同样本一起快递。>样本的送样量和其他具体要求，请致电免费电话400-660-1216。（2）RNA>总RNA＞500ug，浓度＞1ug/ul；>mRNA＞3ug，浓度＞50ng/ul；>OD260/OD280为1.8-2.2；28S/18S＞1.8;RIN≥8（哺乳动物）>质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。。>送样管务必标清样本编号，管口使用Parafilm膜密封。>样本保存期间切忌反复冻融。>送样时使用干冰运输。>填写完整的送样订单（请点击下载）和RNA电泳检测照片，用自封袋密封后随同样本一起快递。（3）双链cDNA>按照美吉公司提供的cDNA454文库构建流程进行文库构建，去除文库中的POLY-A。>总量＞5ug，浓度＞50ng/ul，OD260/280在1.8左右。>送样管务必标清样本编号，管口使用Parafilm膜密封。>样本保存期间切忌反复冻融。>送样时使用干冰或冰袋运输。>填写完整的送样订单（请点击下载）和cDNA电泳检测照片，用自封袋密封后随同样本一起快递。五、无参考基因组转录组分析（denovoTranscriptomeAnalysis）>测序和基本数据处理合成双链Cdna酶切去POLY-A两端连接454接头454测序基本数据处理（图像识别、碱基识别、过滤接头序列）>生物信息分析内容*数据产出统计及测序数据的成分和质量评估*Contig长度分布*Unigene长度分布*Unigene功能注释*UnigeneGO分类*Unigene表达差异分析（不少于两个样本）*Unigene在样本间的差异GO分类（不少于两个样本）*Unigene代谢通路分析*蛋白功能和分类预测>应用领域*全基因组EST测序*筛选SNV、SSR和InDel分子标记*基因表达谱研究*非编码RNA研究六、有参考基因组的转录组分析（Transcriptomeanalysiswithreferencegenome）>测序和基本数据处理合成双链Cdna酶切去POLY-A两端连接454