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万方数据 结核分枝杆菌基因分型方法研究进展·综述·m声D6口c钯哦肌mk比触基因分型金标准。姻ha黝deh等【2’用此方法对105例r|le|龇0f复合群中,拷贝数从O。26不等。1993年,啪Ernbden国匾』k叠堂苤蠢2Q鳗生!旦筮箜鲞箍!翅!咝』幽璺堡:地幽强2Q鳗。№l:箜:№:!R兀P)。该方法采用限制性内切酶PⅧⅡ作用于mB基于DNA印迹杂交技术的,与Is6110一m凹的不同之1998年结核分枝杆菌(nlycobacteri岫nlberculosis,个区域。R08S等最先报道了PG舾分型法,该法也是焦伟伟(综述)申阿东(审校)wrB)标准菌株H37Rv全基因组测序工作完成,结核病的研究进入了基因时代。随着分子生物学技术的发展,结核病分子流行病学研究的新技术也在逐步建立。由于MrB基因组具有重复序列多态性的特点,用于菌株间的鉴别独具优势。MIB基因分型技术在结核病的暴发流行、耐药结核菌的传播、内源性复发和外源性再感染等方面解决了传统方法难以证实的问题。本文就目前常用的一些MIB基因分型方法的原理、特点以及应用进行综述。l插入序列6110限制性片段长度多态性方法插入序列(insenionsequence,璐)是可移动的基因元件,通常小于2.5kb,它在基因组内可发生转位、重复或缺失。1990年111ierry等最先描述了I:s6110,其全长1355bp,末端含有不完整的28bp反向重复序列,是IS3家族的一个成员,完整的序列特异地存在于MrIB等提出了以Is6110为基础的DNA印迹杂交的标准化操作方法,即IS6110限制性片段长度多态性(IS6110.基因组,该酶在IS6110序列上具有单一、非对称切割位点;酶切消化后,产物进行琼脂糖凝胶电泳;然后转移至尼龙膜;与带标记的DNA探针进行杂交,该探针lO上PvuH切割位点右侧序列特异性结合,得到杂交图谱,经软件进行聚类分析,以了解不同菌株间的亲缘关系。在一定时间内,IS6110在艋【B复合群基因组中是比较稳定的,其转位的半衰期为3~4年。warren等[11认为,IS6llo的转位速率可能包括疾病初期的高速率(半衰期o.57年,这一时期细菌增长速度非常快)和疾病后期的低速率(半衰期10.69年,正在接受治疗或治疗后,细菌增长速度大大下降),因此,所观察到的Is6110稳定性与疾病起始和取样之间的时间差密切相关。由于IS6110指纹图谱在一定时间内,尤其是在菌株传播期间能够保持稳定,可用于结核病流行病学研究,但若用于长期研究,则可能会低估患者间实际存在的流行病学联系。譬靳1lO—RnP具有很高的分辨能力,是公认的MrB患者的临床分离株进行分型,共发现81个不同的Is6110图谱,其中70个为独特型,11个图谱包含2—8个菌株。因此,该方法常用作对其他快速、基于PCR技术分型结果的进一步细分或确证手段。IS6llO—R兀P也存在许多不足之处:(1)费时。该方法需要大量的纯化DNA,因此需从临床标本中分离菌株及再培养;(2)费力。步骤繁琐,包括DNA提取、酶切、电泳、转膜、杂交和聚类分析等;(3)杂交条带识读困难,需经特殊软件进行分析;(4)对Is6110拷贝数≤6的菌株分辨能力有限,需结合其他分型方法进行区分;(5)不能区分MrrB复合群内的成员。2多态性的富于GC的重复序列方法富于Gc的重复序列(polyrIlorphicsequence,PGRs)是一个短的重复序列,有数百个拷贝,随机聚集于MTB复合群和其他分枝杆菌染色体的多处在于采用AluI内切酶和含PGRs特异性探针的重组质粒prrBNl2进行杂交。PGRS比IS6110具有更好的【摘要】结核病是单一病原体所致死亡的主要原因。近年来,人口流动的增加和耐药结核分枝杆菌的增多更加剧了结核病在人群间的传播,因此必须加强对结核感染的控制和监测。分子流行病学,尤其是基因分型方法是监测结核病传播的有效途径。目前国内外广泛使用的基因分型方法有:插入序列61lO限制性片段长度多态性、间隔区寡核苷酸分型法、多位点数目可变串联重复序列分析、单核苷酸多态性分析及缺失分析等。该文就这些分型方法作一综述。【关键词】分枝杆菌,结核;基因分型可与Is6l每个IS6110序列对应一条杂交带;经放射自显影即可GC.rich吲)etitivehq粤弹∞ill咎州田pitlg基金项目:国家自然科学基金资助项目(30471841)作者单位:100045首都医科大学附属北京儿童医院 万方数据 n幽oftaIldeIll删,帆)之上的。目前在Im中已经发现了94个不同的间隔区,Mm~分型后可进一步区分其中的5株,显示了良好垦匪丝塾堂盘查2燮堡!旦筮箜鲞筮!塑蜒』幽璺堑:地些竖至QQ墨:型:箜:№:!IS6110图谱的变化。Pc臌分型法的分辨力很