水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108570515A(43)申请公布日2018.09.25(21)申请号201810409288.6(22)申请日2018.05.02(71)申请人中国农业科学院作物科学研究所地址100081北京市海淀区中关村南大街12号申请人中国农业科学院深圳生物育种创新研究院(72)发明人徐建龙黎志康孟丽君王芸赵秀琴崔彦茹陈凯申聪聪(74)专利代理机构北京方圆嘉禾知识产权代理有限公司11385代理人董芙蓉(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书6页序列表1页附图1页(54)发明名称水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记及应用(57)摘要本发明公开了水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记，为采用引物对RM20621以带有籼稻品种Doddi血缘的育种材料基因组DNA为模版扩增出来的185bp核苷酸序列；引物对RM20621的正向引物序列如SEQIDNo.1所示，引物对RM20621的反向引物序列如SEQIDNo.2所示。本发明的分子标记可用于孕穗期育种群体的基因型选择，有效地鉴别带有该基因的耐冷个体，便于及时的杂交转育，加快育种进程。CN108570515ACN108570515A权利要求书1/1页1.水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记，其特征在于，为采用引物对RM20261以带有籼稻品种Doddi血缘的育种材料基因组DNA为模版扩增出来的185bp的核苷酸序列；引物对RM20261的正向引物序列如SEQIDNo.1所示，引物对RM20261的反向引物序列如SEQIDNo.2所示。2.根据权利要求1所述的水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记的特异性引物对，其特征在于，该特异性引物对正向引物序列如SEQIDNo.1所示，反向引物序列如SEQIDNo.2所示。3.根据权利要求2所述的水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记的特异性引物对在筛选水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD上的应用。4.利用水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记鉴定、选育水稻的方法，其特征在于，采用引物对RM20261以带有籼稻品种Doddi血缘的育种材料基因组DNA为模版进行PCR扩增，并检测扩增产物，如果能扩增出来185bp核苷酸片段，则标志检测的育种材料存在水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD；引物对RM20261的正向引物序列如SEQIDNo.1所示，引物对RM20261的反向引物序列如SEQIDNo.2所示。2CN108570515A说明书1/6页水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记及应用技术领域[0001]本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记。背景技术[0002]冷害是造成水稻产量损失、限制水稻种植分布的最重要非生物胁迫因素之一。当前，冷害频繁发生，在中国每年因冷害造成的损失高达300–500万吨。分子遗传学研究表明，水稻对低温的抗性是受多基因控制的数量性状。与种子发芽期、苗期等时期相比，水稻在孕穗期(生殖期)耐冷性非常重要。迄今，已有108个孕穗期(生殖期)耐冷QTL被鉴定出来，可解释的表型变异率从0.8％to37.8％。在这108个QTL中,只有qCT8、qCTB7、qCTB3、qCT-3-2、qLTB3和qCTB10-2等少数被精细定位，仅Ctb1和CTB4a两个基因被克隆。上述促使水稻在孕穗期具有耐冷性的等位基因主要来源于自然变异，这些基因的定位和克隆有助于我们了解水稻对低温抗性遗传基础，但目前可供利用的孕穗期耐冷优良基因非常匮乏。因此，挖掘优异的耐冷等位基因具有重要意义。[0003]过去几十年来，基于双亲本衍生群体的连锁作图是定位基因的常用策略。但双亲本衍生群体定位到的QTL，只能比较每个基因位点2个亲本间的等位基因效应，无法鉴定出种质资源中存在的更优的有利等位基因，更为重要的是定位群体与育种群体的相互脱节，导致定位群体中定位到的QTL由于存在遗传背景效应，在实际育种群体中很难应用。近年来，利用多个亲本构建遗传上相互关联的高代互交系(multi-parentsadvancedgenerationinter-cross,MAGIC)群体及不同品种导入同一优良品种背景构建的重组自交系(Nestedassociationmapping，NAM)或回交导入系(Backcrossintrogressionline,BIL)群体，在QTL定位和有利基因定位方面有越来越多的应用实例。多亲本群体克服了双亲本群体无法挖掘有利等位基因的缺陷，而且可以比较QTL在不同遗传背景的表达情况，同时能较好地解决QTL定位与育