一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片及应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115287365A(43)申请公布日2022.11.04(21)申请号202210732431.1(22)申请日2022.06.24(71)申请人中国农业大学地址100193北京市海淀区圆明园西路2号(72)发明人吴寒宇胡晓湘王宇哲朱迪李宁(74)专利代理机构北京卫平智业专利代理事务所(普通合伙)11392专利代理师闫萍(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6837(2018.01)C12Q1/6869(2018.01)权利要求书1页说明书134页附图1页(54)发明名称一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片及应用(57)摘要本发明涉及一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片及应用。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪乳头数相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与乳头数相关的功能位点，最终形成一种应用于猪乳头数性状育种的130KSNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了乳头数性状的育种准确性。CN115287365ACN115287365A权利要求书1/1页1.一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片，其特征在于，包含130134个SNP位点。2.一种权利要求1所述的一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，对猪样本群体中的每个个体基因组DNA进行低深度重测序，测序深度为0.4×‑0.8×/样本；步骤2，基于步骤1得到的测序数据进行基因组SNP标记检测，鉴定上述猪样本群体中的多态位点，并对多态位点进行基因分型，得到全基因组SNP；步骤3，对猪群体中的个体收集猪乳头数表型，以个体出生后一周内有效乳头数为准，剔除离群值；步骤4，在经步骤3剔除了离群值的猪群体中随机选出固定数量的个体作为发现群体，基于上述发现群体对步骤3得到的剔除了离群值的猪乳头数表型进行全基因组关联分析，筛选与猪乳头数相关的功能位点；步骤5，筛选出基因组骨架位点，以用于捕获除主效位点外其他基因组效应；步骤6，合并步骤4得到的与猪乳头数相关的功能位点和步骤5得到的基因组骨架位点，得到猪乳头数性状特异的130134个标记集合，生成最终的猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片。3.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：步骤2中所述鉴定多态位点的位点过滤参数为：估计最小等位基因频率EAF＞0.01，测序深度≥1.5IQR；步骤2中所述对多态位点进行基因分型，其分型结果的过滤参数为：最小等位基因频率MAF＞0.01，填充信息得分INFOSCORE＞0.4。4.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：步骤4中所述筛选与猪乳头数性状相关的功能位点的筛选标准为P＜0.01。5.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：步骤5中所述筛选出基因组骨架位点的具体步骤为：对步骤2中得到的全基因组SNP进行LD过滤，过滤条件为：以1000bp为窗口长度，窗口内部两两SNP位点的LDr2值大于0.40时删除其中一个位点，最终得到基因组骨架位点。6.一种权利要求1所述的一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片的应用，其特征在于，包括如下步骤：步骤1，建立参考群体，利用所述测序分型芯片获得参考群体中每个个体的基因型数据，同时记录上述参考群体表型数据，通过合适的统计模型可以估计出每个SNP或不同染色体片段的效应值；步骤2，然后对候选群体的每个个体，利用所述测序分型芯片方法进行基因分型，利用参考群体中估计得到的SNP效应值来计算候选群体中每个个体的基因组估计育种值；步骤3，根据育种值的排名对优秀个体进行选留。2CN115287365A说明书1/134页一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片及应用技术领域[0001]本发明涉及基因组育种、功能基因组学和分子生物学领域，具体说是一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片及应用。背景技术[0002]2001年，TheoMeuwissen等人首次提出了全基因组选择(GenomicSelection，GS)技术的创新思想，这是继上世纪BLUP育种技术实施以来的又一项创新技术，它利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种，通过①早期选择缩短世代间隔，②提高育种值(GenomicEstimatedBreedingValue，GEBV)估计准确性等加快遗传进展，尤其对低遗传力、难测定的复杂性状具有较好的预测效果，真正将基因组技术用于了育种实践，目前正在推动动植物育种的革命