一种简化基因组测序的方法与相关应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115747319A(43)申请公布日2023.03.07(21)申请号202211356595.5C40B50/06(2006.01)(22)申请日2022.11.01(71)申请人中国农业科学院深圳农业基因组研究所地址518120广东省深圳市大鹏新区大鹏街道办事处办公大楼一楼1103室(72)发明人阮珏陈鹏常玉晓郭建飞(74)专利代理机构北京三友知识产权代理有限公司11127专利代理师韩蕾姚亮(51)Int.Cl.C12Q1/6869(2018.01)C12Q1/6806(2018.01)C12Q1/6876(2018.01)C12Q1/6895(2018.01)权利要求书1页说明书17页附图9页(54)发明名称一种简化基因组测序的方法与相关应用(57)摘要本发明提供了一种简化基因组测序的方法与相关应用。本发明的简化基因组测序的方法包括：对重测序文库进行限制性内切酶酶切后，分选不含有酶切位点的目标长度的片段进行测序，从而实现简化基因组测序。本发明在全基因组测序文库的基础上，在测序之前进行限制性内切酶酶切，含有酶切位点的片段因为被切断而不能被测序，从而对基因组上含有酶切位点的片段进行反向选择，实现对基因组的简化。CN115747319ACN115747319A权利要求书1/1页1.一种简化基因组测序的方法，该方法包括：对重测序文库进行限制性内切酶酶切后，分选不含有酶切位点的目标长度的片段进行测序，从而实现简化基因组测序。2.根据权利要求1所述的方法，该方法包括：构建重测序文库；对所构建的重测序文库利用限制性内切酶酶切，切断含有酶切位点的片段以达到60％～95％的简化水平；优选达到75％～95％的简化水平；分选430～580bp的片段，进行测序。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，对重测序文库酶切时，利用1‑4种限制性内切酶酶切，优选利用2或3种限制性内切酶酶切。4.根据权利要求1或2所述的方法，其中，对重测序文库酶切时，达到80％～90％的简化水平。5.根据权利要求1或2所述的方法，其中，利用AIO‑seq文库构建方法、True‑seq文库构建方法或其它构建重测序文库的方法构建重测序文库。6.根据权利要求1或2所述的方法，其中，构建重测序文库的过程包括：(1)使用Tn5转座酶复合体对基因组DNA进行随机打断，将Tn5接头在转座酶复合体切割DNA的同时连接到打断位置；(2)将Tn5转座酶复合体随机打断后的产物作为模板，加入测序使用的接头引物构建PCR反应体系，进行PCR扩增，得到重测序文库；或者，选择性地，经过PCR扩增产物混合、纯化，得到重测序文库。7.根据权利要求1或2所述的方法，其中，分选目标长度的片段的方法包括但不限于：利用SageScience公司的ELF或者SageHT仪器进行分选，利用切胶法分选，或利用生物磁珠法分选；优选地，对所分选的片段进行测序的方法包括但不限于：使用华大测序平台、Illumina测序平台、LifeTechnology测序平台或其它测序平台进行测序。8.根据权利要求1或2所述的方法，该方法是用于对水稻、大豆、玉米或小麦基因组进行测序；优选地，其中，所述限制性内切酶包括但不限于MseⅠ、MspⅠ、HindⅢ、AluⅠ、AluⅠII、DpnII、HinP1I中的一种或多种。9.根据权利要求8所述的方法，其中，所述限制性内切酶为：MseⅠ与MspⅠ的组合；MseⅠ、MspⅠ与AluⅠ的组合；MseⅠ、MspⅠ与DpnII的组合；MseⅠ、MspⅠ与HinP1I的组合；或者MseⅠ、MspⅠ与HindⅢ的组合。10.权利要求1‑9任一项所述的方法在全基因组基因型检测中的应用；优选地，所述全基因组基因型检测包括：动植物和/或微生物育种过程中育种材料的基因型检测、品种的真实性鉴定、种子的纯度检测、物种的分子鉴定、遗传群体的基因型检测、遗传图谱构建、QTL定位、分子标记开发、全基因组关联分析中的一种或多种。2CN115747319A说明书1/17页一种简化基因组测序的方法与相关应用技术领域[0001]本发明是关于一种对基因组进行简化测序的方法及相关应用，属于基因工程技术领域。背景技术[0002]简化基因组测序(Reducedrepresentationgenomesequencing，RRGS)是一种将基因组的一部分DNA序列(通常为10％左右)取出来进行测序，用这一部分基因组DNA的多态性代表全基因组水平的多态性的方法。简化基因组测序由于只选择大约10％的基因组进行测序，相比于全基因组测序(Wholegenomesequencing，WGS)降低了约90％的测序成本和后续的数据分析成本。[0003]在农学、医学和生物学等领域，现有的简化基