水稻抗稻瘟病基因Pi9的SNP分子标记的开发和应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN109161606A(43)申请公布日2019.01.08(21)申请号201810344671.8(22)申请日2018.04.17(71)申请人华智水稻生物技术有限公司地址410125湖南省长沙市远大二路长沙高新技术产业开发区隆平高科技园内国家杂交水稻研究中心院内(72)发明人石彦龙彭佩郑秀婷贺治洲梁毅江南张凤勤(74)专利代理机构北京市中联创和知识产权代理有限公司11364代理人康秀敏(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书8页序列表1页附图3页(54)发明名称水稻抗稻瘟病基因Pi9的SNP分子标记的开发和应用(57)摘要本发明提供了一组与水稻稻瘟病抗性基因Pi9紧密连锁的SNP分子标记，所述分子标记K_060504，K_060504的多态性为G或C。利用所述的分子标记，可以快速、精确的检测Pi9基因，大幅提高该基因在水稻育种中的选择效率。检测过程不需要酶切、电泳及测序等，操作简便，可以实现商业化的高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染、EB对环境的污染以及甲醛对人体的危害。CN109161606ACN109161606A权利要求书1/1页1.与水稻稻瘟病抗性基因Pi9紧密连锁的SNP分子标记，所述分子标记为K_060504，其中K_060504的多态性为G或C。2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于：K_060504的多态性位点位于水稻6号染色体10420755位碱基处(MSU7.0position)。3.权利要求1或2任一种所述SNP分子标记在水稻育种中的应用。4.一种水稻育种的方法，检测水稻样品6号染色体10420755位(MSU7.0position)位点的碱基，选择该位点为G的水稻样品进行育种。5.一种用于检测分子标记K_060504的引物组，特异性引物序列为：PrimerSeqAlleleX，SEQIDNO.1：AGAGTGCAACGAACCTCAGPrimerSeqAlleleY，SEQIDNO.2：AGAGTGCAACGAACCTCAC通用引物序列为：SEQIDNO.3：TTCTCGTTTACTAGTCCTATTAGGTG。6.根据权利要求5所述的引物组，其特征在于：特异性引物分别连接不同的荧光接头序列，所述荧光接头序列分别为FAM或HEX。7.权利要求5-6任一种所述引物组在水稻育种中的应用。8.一种检测水稻稻瘟病抗性基因Pi9的方法，检测方法包括如下步骤：S1、提取水稻样品基因组DNA；S2、以水稻基因组DNA为模板，利用K_060504标记的引物组，对K_060504分子标记进行检测；S3、如果K_060504的SNP位点碱基为C，判定测试的水稻样品含有纯合的pi9基因；若检测位点碱基为G，判定测试的水稻样品含有纯合的Pi9基因；若检测位点同时检测到C、G，判断待测水稻含有杂合的Pi9基因。9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：S2中，采用KASP技术对SNP位点进行检测，其中，两条特异性引物5’端分别连接不同的荧光接头序列。10.一种试剂盒，所述试剂盒包括序列如SEQIDNO.1-3的引物。2CN109161606A说明书1/8页水稻抗稻瘟病基因Pi9的SNP分子标记的开发和应用技术领域：[0001]本发明涉及水稻育种领域，具体涉及一种稻瘟病抗性基因Pi9的SNP分子标记的开发和应用。背景技术：[0002]由稻瘟病菌(Magnapotheoryzae)引起的稻瘟病是一种世界性的稻作病害，全球每年因稻瘟病造成的水稻产量损失可达11％～30％，长期实践表明，培育抗病品种(系)是目前防治稻瘟病最经济有效的方法。近几十年来，随着分子遗传学的发展，水稻抗病育种已从常规接种鉴定过渡到分子标记辅助育种，利用分子标记辅助选择含有目标基因的单株进行杂交，能够精准进行目标性状的选育，且能减小选育群体规模，缩短育种年限，节约育种成本。[0003]在分子标记辅助选择中起重要作用的分子标记，至今为止经历了从第一代技术到第三代技术的发展，第一代分子标记的代表是RFLP，即限制性片段长度多态性；第二代分子标记的代表是SSR和STR，即简单序列重复，目前还广泛应用；第三代分子标记的代表是SNP，即单核苷酸多态性，它是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的一种DNA序列多态性，具有分布密度高，遗传稳定性好，易于分型，适于快速、规模化筛查等特点。目前SNP标记主要通过基因芯片技术、Taqman技术、分子信标技术和焦磷酸测序法等进行基因分型，而KASP技术是利用通用荧光探针，通过简单的touch-downPCR的方法实现分型，其经济灵活的特点，作为国际上主流S