基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107354151A(43)申请公布日2017.11.17(21)申请号201710599880.2(22)申请日2017.07.21(71)申请人中国农业科学院特产研究所地址130112吉林省长春市净月开发区聚业大街4899号(72)发明人邢秀梅胡鹏飞徐佳萍刘华淼张正义(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君黄爽(51)Int.Cl.C12N15/11(2006.01)C12Q1/68(2006.01)权利要求书1页说明书13页序列表10页附图13页(54)发明名称基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记及其应用。以梅花鹿全基因组序列为基础进行STR位点筛选、引物设计及应用效果验证，最终获得高扩增效率、高识别率的梅花鹿STR分子标记，用于扩增所述STR分子标记的引物序列分别如SEQIDNO:1-62所示。本发明开发的梅花鹿STR位点含有4碱基重复单元，较常规的2-3碱基重复单元辨识度更高、更稳定，基因判型更容易；可以为梅花鹿群体遗传学研究提供便捷有效的分子标记。CN107354151ACN107354151A权利要求书1/1页1.基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记，其特征在于，所述STR分子标记为STR1、STR2、STR6、STR8、STR11、STR18、STR19、STR22、STR23、STR34、STR36、STR42、STR43、STR48、STR49、STR50、STR53、STR58、STR69、STR70、STR72、STR74、STR75、STR77、STR80、STR82、STR89、STR94、STR96、STR97、STR98中的任一个；用于扩增上述STR分子标记的引物序列分别如SEQIDNO:1-62所示。2.基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记组合，其特征在于，所述STR分子标记组合为权利要求1所述STR分子标记中的任意两个或多个组合。3.用于检测权利要求1所述STR分子标记的引物或试剂盒。4.根据权利要求3所述的引物，其特征在于，31个STR分子标记对应的引物序列分别如SEQIDNO:1-62所示。5.权利要求1所述STR分子标记单独或组合使用在梅花鹿群体遗传学分析中的应用。6.权利要求1所述STR分子标记单独或组合使用在梅花鹿亲子鉴定中的应用。7.权利要求1所述STR分子标记单独或组合使用在梅花鹿品种选育中的应用。2CN107354151A说明书1/13页基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及动物资源学、分子生物学和生物信息学领域，具体地说，涉及基于梅花鹿全基因组开发的STR分子标记及其应用。背景技术[0002]随着各类哺乳动物基因组计划的完成，测序技术和生物信息学分析技术的飞速发展，人们的目光越来越多地集中在特种经济动物遗传资源的评价、保护和利用上，特别是梅花鹿遗传资源。由于野生梅花鹿具有特殊的药用价值，我国在公元前14—12世纪就开始对野生梅花鹿进行家养化利用，是世界上养殖梅花鹿最早的国家，同时也是最早将梅花鹿产品应用于医药保健的国家，主要用于中药和保健品原料。目前我国的野生梅花鹿己十分罕见，仅存在于一些片段化生境中，其分布区正在不断缩减，野生梅花鹿已处于濒危状态，早已被列入中国国家一级保护动物，中国濒危动物红皮书：濒危。对于梅花鹿遗传资源的评价和利用，指的是家养梅花鹿，由野生东北梅花鹿驯化而来。野生梅花鹿经过多年人工驯养，变得温顺，适应性强，生产力和遗传力稳定，成为发展养鹿业的物质基础和有力保证。但由于单纯追求高效益，没有相应的原种保护措施，已使家养梅花鹿6个选育品种和1个品系种质资源的保留受到品种间杂交和种间杂交的影响，这些品种都不同程度退化和改变，有些品种呈现下降或灭绝趋势。此外，梅花鹿养殖过程中，错误的系谱记录非常普遍，对后续的遗传力评价和育种值预测产生了不良影响。养鹿业的持续发展不仅仅是鹿茸产量的持续提高，也包括了未来市场对质量和品种的需求，因此需要储备更多的遗传资源以适应未来环境的变化。现阶段我们需要科学、合理地评价中国的家养梅花鹿资源，制定合理的保种计划，并采取切实可行的保种措施，才能保证养鹿业的可持续发展。开发遗传标记构建分子系谱，对其群体内和个体间的遗传关系有了进一步的了解，建立系谱用于梅花鹿育种改良，配种方案的制定、血缘关系、近交率的确定，以及群体遗传参数的估计，进而提高梅花鹿群体总体质量，另一方面也可以为梅花鹿遗传资源的有效保护提供理论依据。[0003]短串联重复序列(shorttandemrepeat，STR)又称微卫星DNA(microsatel