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本发明提供了一种单细胞转录组测序的方法。具体地,本发明的方法采用“一管法”,将样品裂解、逆转录、PCR扩增以及产物纯化步骤在同一个反应容器内完成,提高了对细胞转录组中低丰度RNA以及特殊结构中的RNA扩增的灵敏度,减少了转录组信息的丢失,提高了单细胞转录组扩增和测序效率。并且,本发明的方法同时适用于固定的单细胞样本和活的新鲜单细胞样本的转录组测序。本发明还提供了一种用于单细胞转录组测序的试剂盒以及一种单细胞转录组测序装置,实现了对单细胞转录组更加简便快捷、灵敏完整的测序。