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本申请提供文件处理方法、计算机可读存储介质及电子设备,该方法包括:针对源文件创建空的第一保护文件;基于组类型构建与所述源文件相关联的文件头部结构;对所述文件头部结构进行加密,并且基于加密后的所述文件头部结构和所述第一保护文件来形成第二保护文件;根据所述文件头部结构对所述源文件进行处理,并且基于处理后的所述源文件和所述第二保护文件来形成第三保护文件。本申请由于不对整个源文件进行加密,在实现对源文件进行保护的同时降低了对计算资源的需求,特别是对部署于计算资源受限的端设备来说,提高了源文件在推理前解保护的速度。本申请的方法适用于对AI模型、各应用文档进行保护,对软硬件环境和场景不做限制,通用性强。