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本发明的目的在于公开一种水稻耐盐相关基因OsMSRFP及其编码蛋白质和应用。所述基因OsMSRFP为如下1)或2)或3)所述的DNA分子:1)基因组序列如SEQIDNO.1所示的DNA分子;2)CDS序列如SEQIDNO.2所示的DNA分子;3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA序列杂交且编码所述蛋白的DNA分子。本发明提供的基因OsMSRFP在调控水稻耐盐性中的基因工程应用,具体为敲除前述的基因OsMSRFP,提高水稻耐盐性;过表达前述的基因OsMSRFP,提高水稻盐敏感性。