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本发明公开了与玉米叶绿素含量紧密连锁的分子标记及其应用。本发明公开的与玉米叶绿素含量紧密连锁的分子标记,为SEQIDNo.3所示的DNA片段或SEQIDNo.4所示的DNA片段,可利用由序列表中SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示的两条单链DNA组成的引物对进行检测。实验证明,本发明的与玉米叶绿素含量紧密连锁的分子标记与玉米叶绿素含量相关,利用该分子标记可以成功鉴定玉米的叶绿素含量情况,并具有简便、快速、高效、准确的优点,且重复性好,特异性高,可以用于玉米分子标记辅助育种,选育综合性状优良的玉米新品种,大大节约了育种成本,提高了育种效率。