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本发明公开了一种箭叶淫羊藿与天平山淫羊藿的分子鉴定方法,其包括如下步骤:1)提取待测样品DNA;2)以待测样品DNA为模板,PCR扩增含有叶绿体psbA?trnH序列的片段;3)对扩增产物进行拼接,获得完整叶绿体psbA?trnH序列;4)基于K2P模型,构建测序拼接后的psbA?trnH序列的系统发育树。本发明方法适用性强,操作简单,能够实现箭叶淫羊藿与天平山淫羊藿的快速准确鉴定,在短时间内鉴定大量样本。