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本发明公开了一种基于标准数据的流域农业面源污染入河系数测算方法,其包括获取待研究区域的降水、地形、土壤和社会经济统计等数据;根据待研究区域的降水、地形等数据,将待研究区域划分为若干流域分区;计算各流域分区的污染物排放量和污染物影响因子;对各流域分区的污染物影响因子进行标准化处理;根据标准化处理后的污染物影响因子计算各流域分区的入水体系数;对入水体系数进行校核验证。本发明能够解决现有技术中缺乏能够对大尺度区域内的污染物入河系数进行口径一致地核算的方法的问题,一致性好、计算可靠、范围大。