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本发明涉及水稻OsRGE3基因及其编码蛋白与应用。本发明通过构建CRISPR/Cas9?OsRGE3敲除载体,利用农杆菌介导法转化水稻,获得OsRGE3敲除突变体;并经过试验证明,OsRGE3基因功能缺失突变体Cas9?N1和Cas9?N2的根长较野生型Nipponbare显著变长(P<0.01),表明降低OsRGE3基因的表达可显著促进水稻萌发期幼根的伸长,进而提高植物的耐旱性。此外,水稻根长增长有助于植株增强养分吸收,进而影响水稻产量和品质。本发明中的OsRGE3基因为水稻分子育种提供了新的优异基因资源,具有良好的应用前景。