基于小卫星DNA标记Trip-yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115948576A(43)申请公布日2023.04.11(21)申请号202310002941.8(22)申请日2023.01.03(71)申请人临沂大学地址276000山东省临沂市兰山区双岭路中段(72)发明人刘云国李瑶瑶陈生熬张海光刘凌霄全先庆隋智海张如华(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书4页序列表（电子公布）附图1页(54)发明名称基于小卫星DNA标记Trip-yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法(57)摘要基于小卫星DNA标记Trip‑yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法。首先提取叶尔羌高原鳅肌肉中的基因组DNA并稀释备用；再利用叶尔羌高原鳅DNA序列中含有的微卫星核心序列，在其序列两端设计特异性引物；然后使用该引物对叶尔羌高原鳅不同地理群或叶尔羌高原鳅群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；利用产物出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得叶尔羌高原鳅的遗传多态性图谱。本发明的特点是可快捷的获得叶尔羌高原鳅遗传标记Trip‑yark01的遗传变异图谱，方法简便。而且，相对于其它分子遗传标记技术而言小卫星DNA标记符合孟德尔遗传模式，呈共显性遗传，所得结果可直观地检测出叶尔羌高原鳅每个个体的基因型；应用于不同地理群或叶尔羌高原鳅群内个体间遗传标记、系谱认证和遗传图谱CN115948576A的构建等。CN115948576A权利要求书1/1页1.一组利用小卫星DNA标记Trip‑yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的引物，其特征在于，其中所述的引物为序列：正链5’‑atcagccttaactttggtcccgt‑3’，负链5’‑atccgcatgcctttggacaggt‑3’，使用该标记时的退火温度为55℃。2.利用小卫星DNA标记Trip‑yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的方法，其特征在于，首先提取叶尔羌高原鳅肌肉中的基因组DNA并稀释备用；再利用叶尔羌高原鳅DNA序列中含有的微卫星核心序列，使用特异性引物对叶尔羌高原鳅不同个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，从而确定叶尔羌高原鳅不同个体在Trip‑yark01核心序列区的基因型，其中所述的叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip‑yark01即特异性引物为：正链5’‑atcagccttaactttggtcccgt‑3’，负链5’‑atccgcatgcctttggacaggt‑3’，使用该标记时的退火温度为55℃。3.如权利要求2所述的利用小卫星DNA标记Trip‑yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的方法，其特征在于，对不同叶尔羌高原鳅个体的基因组DNA进行的PCR扩增，其加样参数为：每个PCR反应总体积为25μl，包括100ng叶尔羌高原鳅基因组DNA；10×PCRBuffer，2.5μl；Mg2+1.5mmol/L；Taq酶1u；dNTP0.1mmol/L；权利要求1中的特异性引物各10pmol；最后加ddH2O至25μl；设置PCR仪的程序参数为：94℃变性2min；94℃45sec，55℃1min，72℃40sec，该反应进行35个循环；72℃延伸5min，4℃保存。4.如权利要求2所述的利用小卫星DNA标记Trip‑yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的方法，其特征在于，对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的步骤：将PCR产物在8％的变性聚丙烯酰胺凝胶中以15W恒功率电泳1.5小时进行分离,以10％的冰醋酸溶液浸泡30min，然后蒸馏水冲洗5min，再以0.1％的硝酸银溶液浸泡30min，用3％的碳酸钠溶液显色5min，最后用10％的冰醋酸溶液浸泡5min。5.权利要求2‑4所述的方法在叶尔羌高原鳅群体间遗传多态性图谱构建上的应用。2CN115948576A说明书1/4页基于小卫星DNA标记Trip‑yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法技术领域[0001]本发明属于叶尔羌高原鳅（Triplophysayarkandensis）DNA分子遗传标记技术，涉及一种检测叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip‑yark01的技术方法，具体是叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip‑yark01的基因型检测方法。背景技术[0002]叶尔羌高原鳅（Triplophysayarkandensis）隶属于高原鳅属(Triplophysa)、鼓鳔亚属(Hedinichthys)，广泛分布于新疆南部的塔里木河水系，是塔里木河流域的优势土著鱼类。叶尔羌高原鳅为底栖冷水性鱼类，其肉质细腻、味道鲜美、营养价