NCBI中各符号代表的意思.doc

精品文档精品文档可修改可修改精品文档可修改GenBank中字符的意思Nucleotide数据库分为三个子数据库：·EST:表达序列标记数据库·GSS:基因组测序序列数据库·CoreNucleotide:包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列●MeSH:查询缩写基因的全称3、RefSeq（ReferenceSequence）序列接受号:（1）mRNA记录（NM_*）:e.g.:NM_000492（2）基因组的DNA重叠群（NT_*）:e.g.:NT_000347（3）完整的基因组或染色体（NC_*）:e.g.:NC_000907（4）基因组的局部区域（NG_*）:e.g.:NG_000019（5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，orXR_*）：e.g.:XM_000483●GenBank记录中特性表中的主要关键词:关键词解释关键词解释misc_feature生物学特性无法用特性表关键词描述的序列promoter转录起始区misc_difference序列特性无法用特性表关键词描述的序列CAAT_signal真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相关conflict同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异TATA_signal真核启动子的TATA盒unsure序列不能确定的区域-35_signal原核启动子中的-35框old_sequence该序列对以前的版本做过修订-10_signal原核启动子的Pribow盒variation包含稳定突变的序列GC_signal真核启动子的GC盒modified_base修饰过的核苷酸RBS核糖体结合位点gene已识别为基因或已命名的序列区域polyA_signalRNA转录本的剪切识别位点misc_signal无法用信号特性关键词描述的信号序列enhancer增强子关键词解释关键词解释attenuator与转录终止有关的序列CDS蛋白质编码序列terminator转录终止序列sig_peptide编码信号肽的序列rep_origin双链DNA复制起始区transit_peptide转运蛋白编码序列misc_RNA无法用RNA关键词描述的转录物或RNA产物mat_peptide编码成熟肽的序列prim_transcript初始转录本intron内含子precursor_RNA前体RNApolyA_siteRNA转录本的多聚腺苷酸化位点mRNA信使RNArRNA核糖体RNA5’clip前体转录本中被剪切掉的5’端序列tRNA转运RNA3’clip前体转录本中被剪切掉的3’端序列scRNA小细胞质RNA5’UTR5’非翻译区snRNA小核RNA3’UTRexon3’非翻译区外显子snoRNA加工和修饰rRNA的小核RNA关键词解释关键词解释immunoglobulin_relatedrepeat_unit单个的重复元件C_region免疫相关蛋白上的不变区LTR长末端重复序列D_segment免疫球蛋白重链的可变区，T细胞受体β链Satellite卫星重复序列J_segment免疫球蛋白重链、轻链以及T细胞α、β、γ的结合链misc_binding无法描述的核酸序列结合位点N_region插入重排免疫球蛋白片段间的核苷酸primer_bind复制、转录的引物结合位点S_region免疫球蛋白重链的开关区protein_bind蛋白质结合区V_region编码免疫球蛋白的可变区N末端的序列STS测序标签位点V_segment编码免疫球蛋白的可变区的序列misc_recomb无法用重组特性关键词描述的重组事件repeat_region基因组中所包含的重复序列iDNA通过重组所消除的DNAmisc_structure无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型stem_loop发夹结构D_loop线粒体中DNA中的取代环GenBank记录中特性表中的限定词:限定词含义限定词含义/allele=给定基因的等位基因/codon_start=相对于序列第一个碱基，编码序列密码子的偏移量/bound_moiety=嵌合范围/country=DNA样本的来源国/cell_type=获得序列的细胞类型/db_xref=其他数据库信息的交叉索引号/citation=已被引用的参考文献数/direction=DNA复制方向/clone_lib=获得序列的克隆文库/environmental_sample=序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种限定词含义限定词含义/exception=指明DNA序列未按通常的生物学规律翻译，如RNA编辑/PCR_conditi-ons=描述PCR的反应条件/frequency=在种群中发生变异的频率/pop_variant=获得序列的群体变异种名称/ger