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公开了同时检测、区分和/或定量样品中基孔肯雅病毒(CHIKV)、登革病毒血清型?1(DENV1)、登革病毒血清型?2(DENV2)、登革病毒血清型?3(DENV3)、登革病毒血清型?4(DENV4)和寨卡病毒(ZIKV)的方法。在一些示例中,该方法包括确定选自下组的靶区域或其片段的存在的步骤:寨卡病毒的非结构蛋白5(NS5)、DENV1的NS5、DENV2的NS5、DENV3的NS5、DENV4的衣壳和CHIKV的E1糖蛋白。还公开了用于该方法的分离的寡核苷酸、用于检测和/或区分和/或定量如本文所述的病毒的方法,以及用于该方法的试剂盒。