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本发明公开了一种基于方波磁场幅值的原子磁强计极化率操控方法及装置,该方法在碱金属原子气室外部使用两套三轴亥姆霍兹线圈,一套用于施加高频方波调制磁场,控制碱金属原子的极化率,一套用于施加低频标定方波磁场,用减慢效应法实时测量极化率,上位机软件采集磁强计的输出信号并控制高频方波磁场的幅值,实现极化率的闭环控制。系统主要包括抽运光激光器、检测光激光器及光路调整元件、磁屏蔽筒、一套高频方波调制磁场线圈、一套低频方波标定磁场线圈、碱金属原子气室、隔热保温材料腔、无磁电加热装置、上位机数据处理软件,本发明可以在不改变原子磁强计光路的基础上将极化率稳定在设定值,操作简单。